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Enregistrement W3212819223 · doi:10.1088/1367-2630/ac3883

As good as it gets: a scaling comparison of DNA computing, network biocomputing, and electronic computing approaches to an NP-complete problem

2021· article· en· W3212819223 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueNew Journal of Physics · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueDNA and Biological Computing
Établissements canadiensUniversity of WaterlooMcGill University
Organismes subventionnairesSocial Sciences and Humanities Research Council of CanadaNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaHorizon 2020 Framework ProgrammeDefense Advanced Research Projects Agency
Mots-clésDNA computingMassively parallelBenchmark (surveying)Computer scienceUnconventional computingSupercomputerComputationScalingNPSubset sum problemParallel computingTheoretical computer scienceAlgorithmTuring machineMathematics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract All known algorithms to solve nondeterministic polynomial (NP) complete problems, relevant to many real-life applications, require the exploration of a space of potential solutions, which grows exponentially with the size of the problem. Since electronic computers can implement only limited parallelism, their use for solving NP-complete problems is impractical for very large instances, and consequently alternative massively parallel computing approaches were proposed to address this challenge. We present a scaling analysis of two such alternative computing approaches, DNA computing (DNA-C) and network biocomputing with agents (NB-C), compared with electronic computing (E-C). The Subset Sum Problem (SSP), a known NP-complete problem, was used as a computational benchmark, to compare the volume, the computing time, and the energy required for each type of computation, relative to the input size. Our analysis shows that the sequentiality of E-C translates in a very small volume compared to that required by DNA-C and NB-C, at the cost of the E-C computing time being outperformed first by DNA-C (linear run time), followed by NB-C. Finally, NB-C appears to be more energy-efficient than DNA-C for some types of input sets, while being less energy-efficient for others, with E-C being always an order of magnitude less energy efficient than DNA-C. This scaling study suggest that presently none of these computing approaches win, even theoretically, for all three key performance criteria, and that all require breakthroughs to overcome their limitations, with potential solutions including hybrid computing approaches.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,305
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,059
Tête enseignante GPT0,295
Écart entre enseignants0,235 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle