Cytotoxic and Transcriptomic Effects in Avian Hepatocytes Exposed to a Complex Mixture from Air Samples, and Their Relation to the Organic Flame Retardant Signature
Notice bibliographique
Résumé
Assessing complex environmental mixtures and their effects is challenging. In this study, we evaluate the utility of an avian in vitro screening approach to determine the effects of passive air sampler extracts collected from different global megacities on cytotoxicity and gene expression. Concentrations of a suite of organic flame retardants (OFRs) were quantified in extracts from a total of 19 megacities/major cities in an earlier study, and levels were highly variable across sites. Chicken embryonic hepatocytes were exposed to serial dilutions of extracts from the 19 cities for 24 h. Cell viability results indicate a high level of variability in cytotoxicity, with extracts from Toronto, Canada, having the lowest LC50 value. Partial least squares (PLS) regression analysis was used to estimate LC50 values from OFR concentrations. PLS modeling of OFRs was moderately predictive of LC50 (p-value = 0.0003, r2 = 0.66, slope = 0.76, when comparing predicted LC50 to actual values), although only after one outlier city was removed from the analysis. A chicken ToxChip PCR array, comprising 43 target genes, was used to determine effects on gene expression, and similar to results for cell viability, gene expression profiles were highly variable among the megacities. PLS modeling was used to determine if gene expression was related to the OFR profiles of the extracts. Weak relationships to the ToxChip expression profiles could be detected for only three of the 35 OFRs (indicated by regression slopes between 0.6 and 0.5 when comparing predicted to actual OFR concentrations). While this in vitro approach shows promise in terms of evaluating effects of complex mixtures, we also identified several limitations that, if addressed in future studies, might improve its performance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».