Cloning and Expression Analysis of <i>EdAGPL1</i> in <i>Eleocharis dulcis</i>
Notice bibliographique
Résumé
In order to clone the cDNA sequence of water chestnut AGPase large subunit gene ( EdAGPL1 ) and analyze its structural characteristics and its expression in different tissues and corm development of water chestnut. Using water chestnut 'Guilin water chestnut ' as research material. The EdAGPL1 gene was cloned by RT-PCR and analyzed by bioinformatics. The expression of EdAGPL1 in different tissues and corm development process was analyzed by real-time fluorescence quantitative PCR technology. The results showed that the length of the cloned EdAGPL1 gene was 1 744 bp, its open reading frame was 1 599 bp, it encoded 532 amino acids, the protein molecular mass was 58.84 kD, the isoelectric point was 7.54, and it had NTP_transferase and PbH1 domains. The secondary structure was composed of helix (13.72%), for the strand (25.19%) and the loop (61.09%). The tertiary structure consists of 17 α-helices, 34 β-sheets, and 51 β-turn (curl) composition. Homology and phylogenetic analysis showed that the homology of amino acid sequence of EdAGPL1 and other plants AGPL protein was 57.54%~61.64%, and has far evolutionary kinship with other plants. Fluorescence quantitative PCR analysis showed that the expression of EdAGPL1 in different tissues was corm> leaf stem > stolon > root. The expression of EdAGPL1 was the highest in the initial stage of corm development, and then it decreased and remainedstable. The study of this gene will help to clarify the regulation mechanism of starch synthesis in water chestnut and provide a theoretical basis for the breeding of high-starch varieties.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».