Monophyly of Diverse Bigyromonadea and their Impact on Phylogenomic Relationships Within Stramenopiles
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Stramenopiles are a diverse but relatively well-studied eukaryotic supergroup with considerable genomic information available (Sibbald and Archibald, 2017). Nevertheless, the relationships between major stramenopile subgroups remain unresolved, in part due to a lack of data from small nanoflagellates that make up a lot of the genetic diversity of the group. This is most obvious in Bigyromonadea, which is one of four major stramenopile subgroups but represented by a single transcriptome. To examine the diversity of Bigyromonadea and how the lack of data affects the tree, we generated transcriptomes from seven novel bigyromonada species described in this study: Develocauda condao , Develocanicus komovi , Develocanicus vyazemskyi , Cubaremonas variflagellatum , Pirsonia chemainus , Feodosia pseudopoda , and Koktebelia satura . Both maximum likelihood and Bayesian phylogenomic trees based on a 247 gene-matrix recovered a monophyletic Bigyromonadea that includes two diverse subgroups, Developea and Pirsoniales, that were not previously related based on single gene trees. Maximum likelihood analyses show Bigyromonadea related to oomycetes, whereas Bayesian analyses and topology testing were inconclusive. We observed similarities between the novel bigyromonad species and motile zoospores of oomycetes in morphology and the ability to self- aggregate. Rare formation of pseudopods and fused cells were also observed, traits that are also found in members of labyrinthulomycetes, another osmotrophic stramenopiles. Furthermore, we report the first case of eukaryovory in the flagellated stages of Pirsoniales. These analyses reveal new diversity of Bigyromonadea, and altogether suggest their monophyly with oomycetes, collectively known as Pseudofungi, is the most likely topology of the stramenopile tree.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».