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Enregistrement W3217725760 · doi:10.1161/circ.144.suppl_1.12802

Abstract 12802: Intron-Mediated Enhancement of <i>Titin</i> ( <i>TTN</i> ) Regulates Sarcomere Formation and Function

2021· article· en· W3217725760 sur OpenAlexaff
Yuri Kim, Seong Won Kim, Meraj Neyazi, Manuel Schmid, Justin H. Letendre, Jourdan K. Ewoldt, Feng Xiao, Paige E. Cloonan, Arun Sharma, Lauren K. Wasson, Christopher N. Toepfer, Angela C. Tai, Joshua Gorham, Gavin Y. Oudit, William T. Pu, Diane E. Dickel, Christopher S. Chen, Christine E. Seidman, Jonathan G. Seidman

Notice bibliographique

RevueCirculation · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCongenital heart defects research
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésEnhancerSarcomereTitinMef2Transcription factorCell biologyBiologyInduced pluripotent stem cellEnhancer RNAsGene expressionMolecular biologyGeneGeneticsMyocyteEmbryonic stem cell

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background: Heterozygous truncating variants in the sarcomere protein titin (TTN) are the most common genetic cause of heart failure, a major cause of morbidity and mortality. This causality indicates that even two-fold changes in the amount of TTN can profoundly disturb cardiac physiology. Although a critical role of TTN in sarcomere formation and cardiomyocyte contractility is well established, the mechanisms regulating transcription of the TTN gene remain poorly understood. Methods: We performed bioinformatics analysis to identify a putative transcriptional enhancer of TTN . Next, we created biallelic deletion of the enhancer in human induced pluripotent stem cell derived cardiomyocytes and performed enhancer reporter assays both in vitro and in vivo to demonstrate necessity and sufficiency of the enhancer in TTN gene expression, respectively. Furthermore, we performed massive parallel reporter assay to define critical transcriptional factors of the TTN enhancer activity and analyzed whole genome sequencing (WGS) data of human patients with unexplained dilated cardiomyopathy (DCM). Results: We identified an intron mediated enhancer that promotes cardiac-specific TTN expression. Global deletion of this element downregulated TTN expression in cardiomyocytes and impaired sarcomere development, while transgenic expression promoted cardiac expression in mice. Using mutational scanning we defined key transcription factor binding sites, including NKX2-5 and MEF2 motifs that promote TTN expression in cardiomyocytes. Consistent with these functions, analyses of WGS data in 69 patients with unexplained DCM revealed one rare variant that disrupted the conserved MEF2 transcriptional factor binding motif. Conclusions: Discovery of a TTN enhancer advances our understanding of cardiomyocyte development, provides an opportunity to modulate TTN transcriptional activity, and ultimately develop therapeutic strategies to treat dilated cardiomyopathy caused by TTN haploinsufficiency.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,248
Écart entre enseignants0,237 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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