A Comprehensive Pedagogy for Dialectic Team-based Marketing Management Case Analysis.
Notice bibliographique
Résumé
Electrosprayed protein ions can retain native-like conformations. The intramolecular contacts that stabilize these compact gas-phase structures remain poorly understood. Recent work has uncovered abundant salt bridges in electrosprayed proteins. Salt bridges are zwitterionic BH<sup>+</sup>/A<sup>-</sup> contacts. The low dielectric constant in the vacuum strengthens electrostatic interactions, suggesting that salt bridges could be a key contributor to the retention of compact protein structures. A problem with this assertion is that H<sup>+</sup> are mobile, such that H<sup>+</sup> transfer can convert salt bridges into neutral B<sup>0</sup>/HA<sup>0</sup> contacts. This possible salt bridge annihilation puts into question the role of zwitterionic motifs in the gas phase, and it calls for a detailed analysis of BH<sup>+</sup>/A<sup>-</sup> versus B<sup>0</sup>/HA<sup>0</sup> interactions. Here, we investigate this issue using molecular dynamics (MD) simulations and electrospray experiments. MD data for short model peptides revealed that salt bridges with static H<sup>+</sup> have dissociation energies around 700 kJ mol<sup>-1</sup>. The corresponding B<sup>0</sup>/HA<sup>0</sup> contacts are 1 order of magnitude weaker. When considering the effects of mobile H<sup>+</sup>, BH<sup>+</sup>/A<sup>-</sup> bond energies were found to be between these two extremes, confirming that H<sup>+</sup> migration can significantly weaken salt bridges. Next, we examined the protein ubiquitin under collision-induced unfolding (CIU) conditions. CIU simulations were conducted using three different MD models: (i) Positive-only runs with static H<sup>+</sup> did not allow for salt bridge formation and produced highly expanded CIU structures. (ii) Zwitterionic runs with static H<sup>+</sup> resulted in abundant salt bridges, culminating in much more compact CIU structures. (iii) Mobile H<sup>+</sup> simulations allowed for the dynamic formation/annihilation of salt bridges, generating CIU structures intermediate between scenarios (i) and (ii). Our results uncover that mobile H<sup>+</sup> limit the stabilizing effects of salt bridges in the gas phase. Failure to consider the effects of mobile H<sup>+</sup> in MD simulations will result in unrealistic outcomes under CIU conditions.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».