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Enregistrement W33998305 · doi:10.1177/0379572121998127

Determinants de la unió a glicogen i translocació de la glicogen sintasa

2011· dissertation· en· W33998305 sur OpenAlexfundno aff
Carlos Martínez Pons

Notice bibliographique

RevueTDX (Tesis Doctorals en Xarxa) · 2011
Typedissertation
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueGlycogen Storage Diseases and Myoclonus
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesGlobal Affairs Canada
Mots-clésHumanitiesPhilosophyPhysics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

La glicogen sintasa (GS) es un enzim cabdal en el metabolisme de carbohidrats, catalitzant l’addicio d’un residu glicosil a l’extrem no reductor d’una cadena de glicogen preexistent. Les GSs eucariotes son enzims altament regulats, tant per al•losterisme com per fosforilacio. Gracies a diferents estructures de GSs resoltes en els darrers anys ja es te una idea aproximada el mecanisme enzimatic de la reaccio, aixi com els llocs d’unio de la molecula donadora del grup glicosil UDP-glucosa. Tot i que experimentalment es coneix la gran afinitat entre la GS i el glicogen, l’acceptor en la reaccio catalitica, se sap poc de la interaccio d’ambdos. En el nostre laboratori es va identificar un lloc d’unio a carbohidrats a la superficie de la GS de l’arqueo Pyrococcus abyssi (PaGS) gracies a la resolucio de l’estructura cristal•lografica d’aquest enzim unit a una molecula de maltohexaosa. En aquesta tesi es demostra que aquest lloc d’unio a carbohidrats de PaGS es tracta d’un lloc d’unio a glicogen funcional ja que, quan el modifiquem per mutagenesi, l’enzim perd la seva capacitat d’unio al glicogen. Aquesta perdua d’afinitat te un impacte directe sobre l’eficiencia catalitica de PaGS a l’hora d’utilitzar glicogen com a substrat. Per alineament de sequencies deduim una possible conservacio d’aquest lloc d’unio en la glicogen sintasa muscular humana (HMGS). La mutacio d’aquest domini de la HMGS resulta en una disminucio de l’afinitat per glicogen de l’enzim, un canvi en la seva localitzacio subcel•lular i un clar impacte en la capacitat de l’enzim per acumular glicogen in vivo. D’aquesta manera identifiquem fins a cinc residus aminoacidics, tots allunyats del centre actiu, la mutacio dels quals disminueix l’afinitat de l’enzim pel glicogen i que formarien, per tant, part d’un nou lloc d’unio a glicogen no catalitic en la HMGS, que es mostra com un element regulador critic responsable de l’eficiencia catalitica de l’enzim in vivo. Una vegada establerta la importancia del domini d’unio a glicogen en HMGS, mesurem l’afinitat de la isoforma hepatica de la glicogen sintasa humana (HLGS) pel glicogen. Tot i que ambdues isoformes de la GS humana tenen una alta identitat en la seva sequencia d’aminoacids, els resultats mostren que HLGS te una menor afinitat pel glicogen. No hem pogut identificar els residus responsables d’aquest canvi d’afinitat. Al nostre laboratori es va descriure per primera vegada com la HMGS transloca al nucli cel•lular quan exhaureix els seus reservoris de glicogen. Els mutants de HMGS que no s’uneixen al glicogen tambe transloquen al nucli cel•lular, confirmant el glicogen com a unic factor de retencio citoplasmatic de HMGS. Finalment, en aquesta tesi tambe s’intenta deduir si la localitzacio nuclear de HMGS te algun paper biologic. Hem aconseguit identificar tres proteines que col•localitzen al nucli cel•lular amb HMGS, i que tenen en comu la seva capacitat d’unio a ARN. Hem observat com la incubacio amb l’inhibidor de la transcripcion actinomicina D de cel•lules amb HMGS nuclear fa que l’enzim transloqui a la periferia nucleolar, comportament descrit per moltes altres proteines que uneixen ARN. Finalment, un assaig in vitro d’unio entre HMGS i ARN apunta a la possible interaccio entre ambdos. Totes aquestes evidencies recolzen una possible funcio nuclear per a la HMGS. Thesis title: “Determinants of glycogen binding and translocation of glycogen synthase”. Author: Carlos Martinez Pons. ABSTRACT Glycogen is a glucose polymer synthesized by the cell to store large amounts of glucose and is subsequently mobilized when energy demand increases. The importance of glycogen is reflected in its conservation among archaea, bacteria and eukarya. The glycogen granule is considered as a finely regulated organelle, with most of its proteins locating at the granule thanks to a direct interaction with glycogen through a carbohydrate-binding site. But it still remains unclear if these sites have other implications on protein regulation and catalytic performance. In this thesis we structurally identify a functional non-catalytic glycogenbinding site on a key enzyme of glycogen metabolism. When we mutate this carbohydrate-binding site we observe an alteration of the subcellular distribution of the enzyme and, moreover, a dramatic decrease of its catalytic performance, showing that the glycogen-binding site is not only used to remain bound at the glycogen granule, but that it is necessary for the proper functioning of the enzyme.

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Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,009
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,043
Score d'incertitude au seuil0,085

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,009
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0110,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,332
Écart entre enseignants0,320 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2011
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