Back from the dead; the curious tale of the predatory cyanobacterium <i>Vampirovibrio chlorellavorus</i>
Notice bibliographique
Résumé
An uncultured non-photosynthetic basal lineage of the Cyanobacteria, the Melainabacteria, was recently characterised by metagenomic analyses of aphotic environmental samples. However, a predatory bacterium, Vampirovibrio chlorellavorus, originally described in 1972 appears to be the first cultured representative of the Melainabacteria based on a 16S rRNA sequence recovered from a lyophilised co-culture of the organism. Here, we sequenced the genome of V. chlorellavorus directly from 36 year-old lyophilised material that could not be resuscitated confirming its identity as a member of the Melainabacteria. We identified attributes in the genome that likely allow V. chlorellavorus to function as an obligate predator of the microalga Chlorella vulgaris, and predict that it is the first described predator to use an Agrobacterium tumefaciens-like conjugative type IV secretion system to invade its host. V. chlorellavorus is the first cyanobacterium recognised to have a predatory lifestyle and further supports the assertion that Melainabacteria are non-photosynthetic.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,003 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».