Maintenance of germ line and somatic DNA methylation during mouse development
Notice bibliographique
Résumé
DNA methylation in mammals is involved in several essential processes including X chromosome inactivation, genomic imprinting, and host defense against mobile genetic elements. How methylation is targeted to specific sequences in the germ line and how specific methylation patterns are maintained during development is not fully understood. Genomic methylation is established in the gamete, decreases dramatically during preimplantation development, and is re-established after implantation of the blastocyst. However, the methylation present at imprinted loci is specifically maintained during preimplantation development. Imprinted genes are located in clusters, and within each gene cluster parent-of-origin specific expression is governed by an imprinting center (IC). The ICs of the maternally imprinted murine Snrpn, Kcnq1, and Igf2r gene clusters coincide with their differentially methylated domains (DMDs). We have shown that specific DMD sequences are required to establish differential methylation at an imprinted locus. Hybrid transgenes were generated using a non-imprinted derivative of the imprinted RSVIgmyc mouse transgene, Ig/myc, and sequences from endogenous imprinted gene DMDs. Addition of specific DMD sequences to the Ig/myc transgene restored its imprinting. Only the tandem repeats found within the Snrpn, Kcnq1, and Igf2r DMDs were capable of establishing maternal-specific transgene methylation. These experiments have also shown that the methylation on imprinted gene DMD sequences is specifically maintained during the early stages of preimplantation development. These results clearly demonstrate the importance of tandem repeats in the process of genomic imprinting. DNA methylation is also critical for silencing intracisternal A particle (IAP) transposition within the genome. It is thought that maintenance of IAP element methylation during preimplantation is critical to repress IAP element transcription and transposition. The methylation of IAP element long terminal repeat (LTR) sequences was analyzed at the blastocyst stage of preimplantation development using the bisulfite genomic sequencing technique. These experiments have shown that methylation is maintained on the majority of IAP elements at the blastocyst stage of preimplantation development. However, the methylation on specific IAP elements is completely lost at this time, including the methylation of single IAP element LTRs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».