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Enregistrement W4200071447 · doi:10.1038/s41586-021-04177-9

Combinatorial, additive and dose-dependent drug–microbiome associations

2021· article· en· W4200071447 sur OpenAlexaff
Sofia K. Forslund, Rima Chakaroun, Maria Zimmermann‐Kogadeeva, Lajos Markó, Judith Aron‐Wisnewsky, Trine Nielsen, Lucas Moitinho‐Silva, Thomas Schmidt, Gwen Falony, Sara Vieira‐Silva, Solia Adriouch, Renato Alves, Karen E. Assmann, Jean‐Philippe Bastard, Till Birkner, Robert Caesar, Julien Chilloux, Luís Pedro Coelho, Léopold Fezeu, Nathalie Galleron, Gérard Helft, Richard Isnard, Boyang Ji, Michael Kuhn, Emmanuelle Le Chatelier, Antonis Myridakis, Lisa Olsson, Nicolas Pons, Edi Prifti, Benoît Quinquis, Hugo Roume, Joe‐Elie Salem, Nataliya Sokolovska, Valentina Tremaroli, Mireia Valles‐Colomer, Christian Lewinter, Nadja B. Søndertoft, Helle Pedersen, Tue H. Hansen, Chloé Amouyal, Ehm Astrid Andersson Galijatovic, Fabrizio Andreelli, Olivier Barthelemy, Jean-Paul Batisse, Eugeni Belda, Magali Berland, Randa Bittar, Hervé Blottière, F Bosquet, Rachid Boubrit, Olivier Bourron, Mickael Camus, Dominique Cassuto, Cécile Ciangura, Jean‐Philippe Collet, Maria-Carlota Dao, Morad Djebbar, Angélique Doré, Line Engelbrechtsen, Soraya Fellahi, Sébastien Fromentin, Pilar Galán, Dominique Gauguier, Philippe Giral, Agnès Hartemann, Bolette Hartmann, Jens J. Holst, Malene Hornbak, Lesley Hoyles, Jean‐Sébastien Hulot, Sophie Jaqueminet, Niklas Rye Jørgensen, Hanna Julienne, Johanne Marie Justesen, Judith Kammer, Nikolaj T. Krarup, Mathieu Kernéis, Jean Khémis, Ruby Kozlowski, Véronique Lejard, Florence Levenez, Lea Lucas-Martini, Robin Massey, Laura Martínez-Gili, Nicolas Maziers, Jonathan Medina-Stamminger, Gilles Montalescot, Sandrine Moute, Ana Luísa Neves, Michael Olanipekun, Laetitia Pasero Le Pavin, Christine Poitou, Françoise Pousset, Laurence Pouzoulet, Andrea Rodriguez‐Martinez, Christine Rouault, Johanne Silvain, Mathilde Svendstrup, T.D. Swartz, Thierry Vanduyvenboden, Camille Vatier, Stefanie Walther, Jens Peter Gøtze, Lars Køber, Henrik Vestergaard, Torben Hansen, Jean‐Daniel Zucker, Serge Herçberg, Jean‐Michel Oppert, Ivica Letunić, Jens Nielsen, Fredrik Bäckhed, S. Dusko Ehrlich, Marc‐Emmanuel Dumas, Jeroen Raes, Oluf Pedersen, Karine Clément, Michael Stümvoll, Peer Bork

Notice bibliographique

RevueNature · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGut microbiota and health
Établissements canadiensMcGill University and Génome Québec Innovation Centre
Organismes subventionnairesH2020 European Research CouncilInstitut de Cardiométabolisme et NutritionNIHR Imperial Biomedical Research CentreConseil Régional Hauts-de-FranceAssistance publique-Hôpitaux de ParisHorizon 2020 Framework ProgrammeNovo Nordisk FondenMedical Research CouncilNovo Nordisk Foundation Center for Basic Metabolic ResearchJulius-Maximilians-Universität WürzburgInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleEli Lilly and CompanyLundbeckfondenYonsei UniversitySanofiDanoneEuropean CommissionHelmholtz Zentrum MünchenNovo NordiskNational Institute for Health and Care ResearchCHIST-ERAAgence Nationale de la RechercheAstraZenecaDeutsche Forschungsgemeinschaft
Mots-clésMicrobiomeDrugComputational biologyBiologyPharmacologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,018

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,004
Tête enseignante GPT0,258
Écart entre enseignants0,254 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations237
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentnon

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