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Enregistrement W4200240538 · doi:10.1093/nar/gkab1266

Correction to ‘The double-stranded RNA-binding protein, Staufen1, is an IRES-transacting factor regulating HIV-1 cap-independent translation initiation’

2021· erratum· en· W4200240538 sur OpenAlexaff
Hade Ramos, Anne Monette, Meijuan Niu, Aldo Barrera, Brenda López‐Ulloa, Yazmín Fuentes, Paola Guizar, Karla Pino, Luc DesGroseillers, Andrew J. Mouland, Marcelo López‐Lastra

Notice bibliographique

RevueNucleic Acids Research · 2021
Typeerratum
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA Research and Splicing
Établissements canadiensUniversité de MontréalMcGill UniversityJewish General Hospital
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyTranslation (biology)Internal ribosome entry siteRNACell biologyProtein biosynthesisEukaryotic translationRNA-binding proteinHuman immunodeficiency virus (HIV)Computational biologyGeneticsVirologyMessenger RNAGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Errors were introduced in Figure 3 during production of the article (1). The X-axis of Figure 3D should be ΔSV40 not SV40. The publisher apologises for these errors and wishes to correct Figure 3 as shown below. Staufen1 does not enhance alternative splicing of the dl HIV-1 IRES RNA nor increases the cryptic promoter activity of the dl HIV-1 DNA. (A, B) The dl HIV-1 IRES (150 ng) was cotransfected with a control scRNA (100 nM) or with siRLuc (100 nM), in the presence, or the absence (−), of the Stau155-HA3 (325 ng) plasmid. (A) Schematic representation of the dl reporter targeted by the siRNA RLuc (siRLuc) targeting the Renilla luciferase ORF (upper panel). Total protein extracts were prepared 48 hrs post-transfection. The expression of Stau155-HA3 was determined by western blot, using the GAPDHprotein as a loading control (lower panel). (B) RLuc and FLuc activities were measured and expressed relative to the values obtained with scRNA, set to 100% (RLA). Values shown are the mean (±SEM) for six independent experiments, each performed in duplicate. Statistical analysis was performed by an ordinary two-way ANOVA test (*P < 0.01; ns, not significant). (C, D) HEK 293T cells were transfected with either the dl HIV-1 IRES (150 ng) or a promoterless ΔSV40-dl HIV-1 IRES (150 ng) vector in the presence, or the absence (−), of the Stau155-HA3 (325 ng) plasmid. 24 hrs post-transfection total protein extracts were prepared. (C) Schematic representation of the dl HIV-1 IRES and ΔSV40-dl HIV-1 IRES plasmids (upper panel). The expression of Stau155-HA3 was determined by western blot, using the GAPDH protein as a loading control (lower panel). (D) RLuc and FLuc activities were measured, and results are expressed as RLA relative to the activities obtained from the dl HIV-1 IRES vector when in the absence of the Stau155-HA3, set to 100%. Values shown in are the mean (±SEM) for three independent experiments, each performed in duplicate. Statistical analysis was performed by an ordinary two-way ANOVA test (**** P < 0.0001; ns, not significant). Staufen1 does not enhance alternative splicing of the dl HIV-1 IRES RNA nor increases the cryptic promoter activity of the dl HIV-1 DNA. (A, B) The dl HIV-1 IRES (150 ng) was cotransfected with a control scRNA (100 nM) or with siRLuc (100 nM), in the presence, or the absence (−), of the Stau155-HA3 (325 ng) plasmid. (A) Schematic representation of the dl reporter targeted by the siRNA RLuc (siRLuc) targeting the Renilla luciferase ORF (upper panel). Total protein extracts were prepared 48 hrs post-transfection. The expression of Stau155-HA3 was determined by western blot, using the GAPDHprotein as a loading control (lower panel). (B) RLuc and FLuc activities were measured and expressed relative to the values obtained with scRNA, set to 100% (RLA). Values shown are the mean (±SEM) for six independent experiments, each performed in duplicate. Statistical analysis was performed by an ordinary two-way ANOVA test (*P < 0.01; ns, not significant). (C, D) HEK 293T cells were transfected with either the dl HIV-1 IRES (150 ng) or a promoterless ΔSV40-dl HIV-1 IRES (150 ng) vector in the presence, or the absence (−), of the Stau155-HA3 (325 ng) plasmid. 24 hrs post-transfection total protein extracts were prepared. (C) Schematic representation of the dl HIV-1 IRES and ΔSV40-dl HIV-1 IRES plasmids (upper panel). The expression of Stau155-HA3 was determined by western blot, using the GAPDH protein as a loading control (lower panel). (D) RLuc and FLuc activities were measured, and results are expressed as RLA relative to the activities obtained from the dl HIV-1 IRES vector when in the absence of the Stau155-HA3, set to 100%. Values shown in are the mean (±SEM) for three independent experiments, each performed in duplicate. Statistical analysis was performed by an ordinary two-way ANOVA test (**** P < 0.0001; ns, not significant). The published article has been updated. These corrections do not affect the results, discussion and conclusions presented in the article.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,026
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,064
Score d'incertitude au seuil0,216

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,026
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,002
Bibliométrie0,0030,002
Études des sciences et des technologies0,0020,002
Communication savante0,0020,002
Science ouverte0,0040,002
Intégrité de la recherche0,0030,009
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0640,049

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,072
Tête enseignante GPT0,354
Écart entre enseignants0,281 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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