Structural basis for the recognition of the S2, S5‐phosphorylated RNA polymerase II CTD by the mRNA anti‐terminator protein hSCAF4
Notice bibliographique
Résumé
The C-terminal domain (CTD) of RNA polymerase II serves as a binding platform for numerous enzymes and transcription factors involved in nascent RNA processing and the transcription cycle. The S2, S5-phosphorylated CTD is recognized by the transcription factor SCAF4, which functions as a transcription anti-terminator by preventing early mRNA transcript cleavage and polyadenylation. Here, we measured the binding affinities of differently modified CTD peptides by hSCAF4 and solved the complex structure of the hSCAF4-CTD-interaction domain (CID) bound to a S2, S5-quadra-phosphorylated CTD peptide. Our results revealed that the S2, S5-quadra-phosphorylated CTD peptide adopts a trans conformation and is located in a positively charged binding groove of hSCAF4-CID. Although hSCAF4-CID has almost the same binding pattern to the CTD as other CID-containing proteins, it preferentially binds to the S2, S5-phosphorylated CTD. Our findings provide insight into the regulatory mechanism of hSCAF4 in transcription termination.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».