The double-stranded RNA-binding protein, Staufen1, is an IRES-transacting factor regulating HIV-1 cap-independent translation initiation
Notice bibliographique
Résumé
Translation initiation of the viral genomic mRNA (vRNA) of human immunodeficiency virus-type 1 (HIV-1) can be mediated by a cap- or an internal ribosome entry site (IRES)-dependent mechanism. A previous report shows that Staufen1, a cellular double-stranded (ds) RNA-binding protein (RBP), binds to the 5'untranslated region (5'UTR) of the HIV-1 vRNA and promotes its cap-dependent translation. In this study, we now evaluate the role of Staufen1 as an HIV-1 IRES-transacting factor (ITAF). We first confirm that Staufen1 associates with both the HIV-1 vRNA and the Gag protein during HIV-1 replication. We found that in HIV-1-expressing cells, siRNA-mediated depletion of Staufen1 reduces HIV-1 vRNA translation. Using dual-luciferase bicistronic mRNAs, we show that the siRNA-mediated depletion and cDNA-mediated overexpression of Staufen1 acutely regulates HIV-1 IRES activity. Furthermore, we show that Staufen1-vRNA interaction is required for the enhancement of HIV-1 IRES activity. Interestingly, we find that only Staufen1 harboring an intact dsRNA-binding domain 3 (dsRBD3) rescues HIV-1 IRES activity in Staufen1 CRISPR-Cas9 gene edited cells. Finally, we show that the expression of Staufen1-dsRBD3 alone enhances HIV-1 IRES activity. This study provides evidence of a novel role for Staufen1 as an ITAF promoting HIV-1 vRNA IRES activity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».