Genomic and phenotypic analysis of SspH1 identifies a new <i>Salmonella</i> effector, SspH3
Notice bibliographique
Résumé
Salmonella is a major foodborne pathogen and is responsible for a range of diseases. Not all Salmonella contributes to severe health outcomes as there is a large degree of genetic heterogeneity among the 2,600 serovars within the genus. This variability across Salmonella serovars is linked to numerous genetic elements that dictate virulence. While several genetic elements encode virulence factors with well-documented contributions to pathogenesis, many genetic elements implicated in Salmonella virulence remain uncharacterized. Many pathogens encode a family of E3 ubiquitin ligases that are delivered into the cells that they infect using a Type 3 Secretion System (T3SS). These effectors, known as NEL-domain E3s, were first characterized in Salmonella. Most Salmonella encodes the NEL-effectors sspH2 and slrP, whereas only a subset of Salmonella encodes sspH1. SspH1 has been shown to ubiquitinate the mammalian protein kinase PKN1, which has been reported to negatively regulate the pro-survival program Akt. We discovered that SspH1 mediates the degradation of PKN1 during infection of a macrophage cell line but that this degradation does not impact Akt signaling. Genomic analysis of a large collection of Salmonella genomes identified a putative new gene, sspH3, with homology to sspH1. SspH3 is a novel NEL-domain effector.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».