Compositional analysis of the tonsil microbiota in relationship to Streptococcus suis disease in nursery pigs in Ontario
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The tonsil of the soft palate in pigs is the colonization site of both commensal and pathogenic microbial agents. Streptococcus suis infections are a significant economic problem in the swine industry. The development of S. suis disease remains poorly understood. The purpose of this study was to identify whether the tonsillar microbiota profile in nursery pigs is altered with S. suis disease. Here, the dynamics of the tonsillar microbiota from 20 healthy pigs and 43 diseased pigs with S. suis clinical signs was characterized. RESULTS: Based on the presence or absence of S. suis in the systemic sites, diseased pigs were classified into confirmed (n = 20) or probable (n = 23) group, respectively. Microbiota composition was assessed using the V3-V4 hypervariable region of the 16S rRNA, and results were analyzed to identify the diversity of the tonsillar microbiota. The taxonomic composition of the tonsil microbiota proved to be highly diverse between individuals, and the results showed statistically significant microbial community structure among the diagnosis groups. The confirmed group had the lowest observed species richness while the probable group had higher phylogenetics diversity level compared to the healthy group. Un-weighted Unifrac also demonstrated that the probable group had a higher beta diversity than both the healthy and the confirmed group. A Dirichlet-multinomial mixture (DMM) model-based clustering method partitioned the tonsil microbiota into two distinct community types that did not correspond with disease status. However, there was an association between Streptococcus suis serotype 2 and DMM community type 1 (p = 0.03). ANCOM-BC identified 24 Streptococcus amplicon sequence variants (ASVs) that were differentially abundant between the DMM community types. CONCLUSIONS: This study provides a comprehensive analysis of the structure and membership of the tonsil microbiota in nursery pigs and uncovers differences and similarities across varying S. suis disease status. While the overall abundance of Streptococcus was not different among the diagnosis groups, the unique profile of DMM community type 1 and the observed correlation with S. suis serotype 2 could provide insight into potential tonsillar microbiota involvement in S. suis disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
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Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».