ITS-2 rDNA Nemabiome Metabarcoding in two Isolated Populations of Wild Roe Deer (Capreolus Capreolus) Reveals Variation in Gastrointestinal Nematode Community Composition Between Regions and Among Age Classes
Notice bibliographique
Résumé
Abstract BackgroundGastrointestinal nematodes are ubiquitous for both domestic and wild ungulates which have varying consequences to health and fitness. They exist as complex communities of multiple co-infecting species and we have a very limited understanding of how these communities vary in different hosts, regions and circumstances or on how this affects their impacts. MethodsWe have undertaken ITS-2 rDNA nemabiome metabarcoding on populations of nematode larvae isolated from fecal samples of roe deer of different sex and age classes in the two isolated populations of Chizé and Trois Fontaines in France not co-grazing with any domestic ungulate species. ResultsWe identified 100 Amplified Sequence Variants (ASVs) that assigned to 14 gastrointestinal nematode taxa overall either at genus (38%), or species (62%) level. These taxa were dominated by parasites classically found in cervids - e.g., Ostertagia leptospicularis, Spiculopteragia spp. Higher parasite species diversity was present in the Trois Fontaine than in the Chize populations including the presence of some species more typically seen in domestic livestock, (Haemonchus contortus, Bunostomum trigonocephalum, Cooperia punctata, Teladorsagia circumcincta). No differences in parasite species diversity or community composition was seen in the samples collected from three zones of differing habitat quality within the Chize region. Young roe deer hosted the highest diversity of gastrointestinal nematodes, with more pronounced effects of age apparent in Trois Fontaines. The effect of host age differed between gastrointestinal nematode species, e.g. there was little effect on Ostertagia leptospicularis but a high effect on Trichostrongylus spp. No effect of host sex was detected in either site. ConclusionsThe presence of some livestock parasite species in the Trois Fontaine roe deer popualtions was surprising given the isolation of this population away from grazing domestic livestock. However, it should be noted that a small group of sheep were resident in the region, albeit separately fenced, which raises some interesting questions regarding the introduction of non-native parasite species into wildlife populations. Overall, our results suggest complex interactions between hosts, environments and parasites and illustrate the power of the nemabiome metabarcoding approach to elucidate the composition of gastrointestinal nematode communities in wildlife.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».