Pre-print journal club review of BioRxiv article: Functional assessment of cell entry and receptor usage for lineage B β-coronaviruses, including 2019-nCoV
Notice bibliographique
Résumé
Letko and Munster report a new functional viromics platform whereby receptor binding domains (RBDs) from different lineage B betacoronaviruses were cloned into a codon-optimized gene for SARS CoV spike protein which was then incorporated into pseudotyped VSV particles for functional assays. Entry was indicated by luciferase reporter activity. This screen facilitated rapid identification of RBDreceptor interactions, with less expense than previous methods. The authors confirmed previous findings that only RBDs belonging to clade-1 of the B-lineage of beta-coronaviruses use the ACE2 receptor. Furthermore, the authors showed that for a variety of B-lineage coronaviruses, protease treatment prior to infection enhances entry into different cell types from different species. They confirmed that protease treatment enhanced receptor-dependent viral entry. By introducing 14 amino acids known to contact the ACE2 receptor into clade-2 and clade-3 RBDs, the authors confirmed that these AAs are important for ACE2 recognition. They also determined that the surrounding AA sequence context is important for ACE2 recognition. Finally, they showed that the new 2019-nCoV coronavirus (now known as SARS-CoV-2 according to the ICTV) is related to Clade-1 betacoronaviruses, similar to SARS, and also utilizes the ACE2 entry receptor.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».