Genomic and transcriptomic characterization of Delta SARS-CoV-2 infection in free-ranging white-tailed deer ( <i>Odocoileus virginianus</i> )
Notice bibliographique
Résumé
Abstract White-tailed deer are susceptible to SARS-CoV-2 and represent a highly important species for surveillance. Nasal swabs and retropharyngeal lymph nodes from white-tailed deer (n=258) collected in November 2021 from Québec, Canada were analyzed for SARS-CoV-2 RNA. We employed viral genomics and transcriptomics to further characterize infection and investigate host response to infection. We detected Delta SARS-CoV-2 (AY.44) in deer from the Estrie region; sequences clustered with human sequences from GISAID collected in October 2021 from Vermont, USA, which borders this region. Mutations in the S-gene and a deletion in ORF8 encoding a truncated protein were detected. Host expression patterns in SARS-CoV-2 infected deer were associated with the innate immune response, including signalling pathways related to anti-viral, pro- and anti-inflammatory signalling, and host damage. Our findings provide preliminary insights of host response to SARS-CoV-2 infection in deer and underscores the importance of ongoing surveillance of key wildlife species for SARS-CoV-2.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».