Polygenic risk and causal inference of psychiatric comorbidity in inflammatory bowel disease among patients with European ancestry
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Approximately 40% of persons with inflammatory bowel disease (IBD) experience psychiatric comorbidities (PC). Previous studies demonstrated the polygenetic effect on both IBD and PC. In this study, we evaluated the contribution of genetic variants to PC among the IBD population. Additionally, we evaluated whether this effect is mediated by the expression level of the RBPMS gene, which was identified in our previous studies as a potential risk factor of PC in persons with IBD. Materials and methods The polygenic risk score (PRS) was estimated among persons with IBD of European ancestry (n = 240) from the Manitoba IBD Cohort Study by using external genome-wide association studies (GWAS). The association and prediction performance were examined between the estimated PRS and PC status among persons with IBD. Finally, regression-based models were applied to explore whether the imputed expression level of the RBPMS gene is a mediator between estimated PRS and PC status in IBD. Results The estimated PRS had a significantly positive association with PC status (for the highest effect: P-value threshold = 5 × 10 –3 , odds ratio = 2.0, P-value = 1.5 × 10 –5 ). Around 13% of the causal effect between the PRS and PC status in IBD was mediated by the expression level of the RBPMS gene. The area under the curve of the PRS-based PC prediction model is around 0.7 at the threshold of 5 × 10 –4 . Conclusion PC status in IBD depends on genetic influences among persons with European ancestry. The PRS could potentially be applied to PC risk screening to identify persons with IBD at a high risk of PC. Around 13% of this genetic influence could be explained by the expression level of the RBPMS gene.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».