Global dissemination of Influenza A virus is driven by wild bird migration through arctic and subarctic zones
Notice bibliographique
Résumé
Authors: Jonathon D. Gass Jr. 1,†, Robert J. Dusek2, Jeffrey S. Hall2, Gunnar Thor Hallgrimsson3, Halldór Pálmar Halldórsson4, Solvi Runar Vignisson4,5, Sunna Bjork Ragnarsdottir6, 7, Jón Einar Jónsson8, Scott Krauss9, Sook-San Wong9,ŧ, Xiu-Feng Wan10, 11, 12, 13, Sadia Akter10, 11, 12, 13,*, Srinand Sreevatsan14, Nídia S. Trovão15, Felicia B. Nutter1, Jonathan A. Runstadler1, Nichola J. Hill1,16 1 Department of Infectious Disease and Global Health, Cummings School of Veterinary Medicine, Tufts University2 U.S. Geological Survey, National Wildlife Health Center3 Institute of Biology, University of Iceland 4 University of Iceland’s Research Centre in Suðurnes 5 Suðurnes Science and Learning Center6 Icelandic Institute of Natural History 7 The Southwest Iceland Nature Research Centre8 University of Iceland's Research Center at Snæfellsnes9 Department of Infectious Diseases, St. Jude Children’s Research Hospital 10 Center for Influenza and Emerging Infectious Diseases (CIEID), University of Missouri, Columbia11 Department of Molecular Microbiology and Immunology, University of Missouri, Columbia12 Bond Life Sciences Center, University of Missouri, Columbia13 Department of Electronic Engineering and Computer Science, University of Missouri, Columbia14 College of Veterinary Medicine, Michigan State University15 Division of International Epidemiology and Population Studies, Fogarty International Center, National Institutes of Health16 Department of Biology, University of Massachusetts, Boston† Corresponding author Corresponding author email: Jonathon.gass@tufts.edu ŧ Present address: State-Key Laboratory of Respiratory Diseases, Guangzhou Medical University and School of Public Health, Li Ka Shing Faculty of Medicine, The University of Hong Kong * Present address: Department of Molecular Microbiology, Washington University School of Medicine in St. LouisAbstractInfluenza A viruses (IAV) circulate endemically among many wild aquatic bird populations that seasonally migrate between wintering grounds in southern latitudes to breeding ranges along the perimeter of the circumpolar arctic. Arctic and subarctic zones are hypothesized to serve as ecologic drivers of the intercontinental movement and reassortment of IAVs due to high densities of disparate populations of long distance migratory and native bird species present during breeding seasons. Iceland is a staging ground that connects the East Atlantic and North Atlantic American flyways, providing a unique study system for characterizing viral flow between eastern and western hemispheres. Using Bayesian phylodynamic analyses, we sought to evaluate the viral connectivity of Iceland to proximal regions and how inter-species transmission and reassortment dynamics in this region influence the geographic spread of low and highly pathogenic IAVs. Findings demonstrate that IAV movement in the arctic and subarctic reflects wild bird migration around the perimeter of the circumpolar north, favoring short-distance flights between proximal regions rather than long distance flights over the polar interior. Iceland connects virus movement between mainland Europe and North America, consistent with the westward migration of wild birds from mainland Europe to Northeastern Canada and Greenland. Though virus diffusion rates were similar among avian taxonomic groups in Iceland, gulls play an outsized role as sinks of IAVs from other avian hosts prior to onward migration. These data identify patterns of virus movement in northern latitudes and inform future surveillance strategies related to seasonal and emergent IAVs with potential public health concern. Keywords: Influenza A virus, Iceland, wild birds, phylodynamics, transmission, subarctic
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».