Sparse canonical correlation analysis reveals relationships between TDP‐43 within the entorhinal cortex and fractional anisotropy across widespread white matter tracts
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background While research has focused on gray matter alterations in neurodegeneration, investigating the relationship between white matter and neuropathology allows for additional insight into disease effects on broad brain networks. TAR DNA‐binding protein 43 (TDP‐43), which has shown to be involved in various neurodegenerative disorders involving axonal damage including ALS, FTLD, and LATE, is associated with lower WM integrity. We used sparse canonical correlation analysis (SCCA) to explore the relationships between ante‐mortem WM integrity and post‐mortem TDP‐43. Method Diffusion weighted images were gathered on a 1.5T scanner and processed using TORTOISE in order to calculate fractional anisotropy (FA) in a sample of 70 older adults from two longitudinal cohort studies, the Religious Orders Study and Rush Memory and Aging Project. We registered the white matter ROIs from the John’s Hopkins University (JHU) DTI atlas to the study‐specific template using ANTS. Average FA was computed for each ROI and was included in the SCCA. A semi‐quantitative rating of TDP‐43 severity was assessed in 5 regions. Disease burden in each region and average FA within 48 ROIs were inputs for the SCCA. A fused lasso penalty based on permutation testing was employed to promote sparsity. Result The 70 subjects were 91.10 (SD=6.08) years old at death with a median interval from MRI to death of 3.11 years (SD=1.45). Sixty‐four percent were female, and 36% had dementia at their last study visit prior to death. TDP pathology was present in 47% of individuals. SCCA produced one canonical variable (Cor=0.36) which identified one regional pathology variable (TDP‐43 within the entorhinal cortex; Feature weight =‐1.0) and six FA ROIs: pontine crossing tract (0.597), splenium of corpus callosum (0.531), right anterior limb of internal capsule (0.001), superior corona radiata (0.411), and bilateral anterior corona radiata (Right: 0.115 and Left: 0.422). Conclusion Identified WM ROIs within the brainstem align with previous research within TDP‐43 related disorders, including those with motor neuron involvement such as FTLD‐U. Further, findings within bundles connecting parietal and temporal areas indicate the importance of TDP‐43 in broad brain networks which could relate to the deficits seen in memory and executive functions within FTLD and related disorders.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».