MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4211059479 · doi:10.1002/9781118960608.gbm01162

<i>Proteus</i>

2015· other· en· W4211059479 sur OpenAlexaff
John L. Penner

Notice bibliographique

RevueBergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria · 2015
Typeother
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePolyamine Metabolism and Applications
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésProteus mirabilisBiologyBiochemistryMicrobiologyChemistryEscherichia coli

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Pro'te.us. Gr. n. Proteus an ocean god able to change himself into different shapes. Straight rods, 0.4–0.8 × 1.0–3.0 μm . Gram negative. Motile by peritrichous flagella. Most strains swarm with periodic cycles of migration producing concentric zones, or spread in a uniform film, over moist surfaces solidified with agar or gelatin . The organisms in this genus conform to the definition of the family Enterobacteriaceae . They are facultatively anaerobic, chemoorganotrophic, having both a respiratory and a fermentative type of metabolism . Optimal growth temperature is 37°C. Oxidase negative; catalase positive. Methyl red positive; species vary in indole production, Voges–Proskauer, and Simmons citrate tests. They oxidatively deaminate phenylalanine and tryptophan. Urea is hydrolyzed. Lysine decarboxylase negative and arginine dihydrolase negative; only Proteus mirabilis decarboxylates ornithine. All but Proteus myxofaciens decompose tyrosine to produce a clearing on agar media in which the insoluble amino acid is incorporated. Grow on KCN. H 2 S is usually produced. Malonate is not utilized . D ‐glucose and a few other carbohydrates are catabolized with production of acid and usually gas. Does not produce acid from inositol or from straight chain tetra‐, penta‐, or hexahydroxy—alcohols, but generally produces acid from glycerol. One or more species ferment maltose, sucrose, trehalose, and D ‐xylose. Human pathogens, causing urinary tract infections; also are secondary invaders, causing septic lesions at other sites of the body. Occurs in the intestines of humans and a wide variety of animals; also occurs in manure, soil, and polluted waters. P. myxofaciens has been isolated only from gypsy moth larvae. Based on 16S rDNA sequence analysis, Proteus belongs to the family Enterobacteriaceae within the Proteobacteria (Woese et al., 1985; Niebel et al., 1987; Stackebrandt et al., 1988). The mol % G + C of the DNA is : 38–41 (Falkow et al., 1962). Type species : Proteus vulgaris Hauser 1885, 12 emend. Brenner, Hickman‐Brenner, Holmes, Hawkey, Penner, Grimont and O'Hara 1995, 870. Taxonomic and Nomenclature Notes According to the List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), the taxonomic status of the genus Proteus is: correct name (last update, February 2025) * . LPSN classification: Bacteria / Pseudomonadati / Pseudomonadota / Gammaproteobacteria / Enterobacterales / Morganellaceae / Proteus The genus Proteus can also be recovered in the Genome Taxonomy Database (GTDB) as g__Proteus (version v220) ** . GTDB classification: d__Bacteria / p__Pseudomonadota / c__Gammaproteobacteria / o__Enterobacterales / f__Enterobacteriaceae / g__Proteus * Meier‐Kolthoff et al. ( 2022 ). Nucleic Acids Res , 50 , D801 – D807 ; DOI: 10.1093/nar/gkab902

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: Autre
Score de désaccord entre enseignants0,420
Score d'incertitude au seuil0,730

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,255
Écart entre enseignants0,246 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueBergey's Manual of Systematics of Archaea and BacteriaMême sujetPolyamine Metabolism and ApplicationsTravaux en français237 207