Haplotype-Resolved Genome Analyses Reveal Genetically Distinct Nuclei within a Commercial Cultivar of Lentinula edodes
Notice bibliographique
Résumé
Lentinula edodes is a tetrapolar basidiomycete with two haploid nuclei in each cell during most of their life cycle. Understanding the two haploid nuclei genome structures and their interactions on growth and fruiting body development has significant practical implications, especially for commercial cultivars. In this study, we isolated and assembled the two haploid genomes from a commercial strain of L. edodes using Illumina, HiFi, and Hi-C technologies. The total genome lengths were 50.93 Mb and 49.80 Mb for the two monokaryons SP3 and SP30, respectively, with each assembled into 10 chromosomes with 99.63% and 98.91% anchoring rates, respectively, for contigs more than 100 Kb. Genome comparisons suggest that two haploid nuclei likely derived from distinct genetic ancestries, with ~30% of their genomes being unique or non-syntenic. Consistent with a tetrapolar mating system, the two mating-type loci A (matA) and B (matB) of L. edodes were found located on two different chromosomes. However, we identified a new but incomplete homeodomain (HD) sublocus at ~2.8 Mb from matA in both monokaryons. Our study provides a solid foundation for investigating the relationships among cultivars and between cultivars and wild strains and for studying how two genetically divergent nuclei coordinate to regulate fruiting body formation in L. edodes.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».