Turning the Tide on HIV: 23<sup>rd</sup> Annual Canadian Conference on HIV/AIDS Research
Notice bibliographique
Résumé
Accumulating evidence suggests human endogenous retrovirus-K (HERV-K) HML-2 proviruses are commonly activated in HIV-1, and may form particles, but the latter are of unknown significance.We have previously reported HERV-K102 particle production in 75% of HIV-1 patients, but the maximal plasma level was 7 logs lower in HIV-1 patients than in patients harboring other blood borne pathogens.This suggested HIV-1 specifically inhibited HERV-K102 replication in vivo and is consistent with mutual molecular interference in replication reported previously between HERV-K and HIV-1.Accordingly, the aim of the present work was to explore whether or not HERV-K102 replication reciprocally interferes with HIV-1 replication in vivo as this could lead to new interventions.The Nairobi commercial sex worker (CSW) cohort which showed resistance to HIV-1 transmission was examined for evidence of increased integration of HERV-K102 pol in genomic DNA over normal controls and was compared with subjects not resistant to HIV-1 infection.DNA was extracted from plasma samples from the CSW cohort (n=14), normals (n=31) or HIV-1 patients (n=26) and was subjected to real time qPCR ddCt ratio analysis using our novel primer set for HERV-K102 pol and compared with 18S RNA as a control for genomic equivalents.Universal master mix with Amperase-UNG was used to digest cDNA leaving genomic DNA for analysis.A five-fold increased mean gene copy number of HERV-K102 pol was found in the CSW cohort over normals (P=0.0005), which was not detected in HIV-1 groups irrespective of stratification based on current use of antiretroviral therapy.In preliminary in vitro and in vivo experiments, high levels of particle production were found to lead to enhanced genomic copies of HERV-K102 consistent with replication competence.This work may be first to raise the possibility that HERV-K102 particles may play a common role in natural protection against HIV-1 transmission.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,004 |
| Communication savante | 0,008 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,079 | 0,026 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».