Mitochondrial capture and subsequent genetic divergence generates a novel haplogroup: evidence from ancient and ongoing hybridization in mule and white-tailed deer
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Odocoileus virginianus (white-tailed deer) and O. hemionus (mule deer) are sympatric across much of North America. Molecular evidence suggests that up to 24% of individuals in some populations are a product of hybrid ancestry. Several studies have alluded to ancient and recent introgression between Odocoileus spp.; however, no divergence dates were proposed. Herein, phylogenetic analyses of DNA sequences obtained from the mitochondrial Cytochrome b gene in 690 individuals identified three clades corresponding to black-tailed deer, white-tailed deer, or a unique combination of both white-tailed deer and mule deer. White-tailed deer and mule deer diverged from a common ancestor of approximately 3.13 mya followed by an ancient hybridization event of approximately 1.32 mya, in which the white-tailed deer mitochondrial genome was “captured” by mule deer. This hybridization event produced a novel haplogroup for white-tailed deer and mule deer located west of the Appalachian Mountains and east of the Cascade Range, south to Veracruz, Mexico, and north to the Yukon Territory, Canada. The ancestral mule deer-like mitochondrial genome appears to be restricted to black-tailed deer distributed along the western portion of the Cascade and Sierra Nevada Ranges of the United States and Canada, whereas the ancestral white-tailed deer-like mitochondrial genome is restricted to the eastern United States and portions of Latin America and Caribbean regions. The “captured mitochondrial genome” has continued on an independent evolutionary trajectory and represents a unique and broadly distributed haplogroup that is 7.25% and 2.84% different from the ancestral mule deer and ancestral white-tailed deer haplogroups, respectively.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».