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Enregistrement W4213166923 · doi:10.1101/2022.02.14.480455

Diverse innate immune factors protect yeast from lethal viral pathogenesis

2022· preprint· en· W4213166923 sur OpenAlexaff
Sabrina Chau, Jie Gao, Annette J. Diao, Shi Bo Cao, Amirahmad Azhieh, Alan R. Davidson, Marc D. Meneghini

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePlant and Fungal Interactions Research
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologySaccharomyces cerevisiaeYeastInnate immune systemVirologyRNARNA interferenceVirusGeneticsComputational biologyGeneImmune system

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract In recent years, newly characterized anti-viral systems have proven to be remarkably conserved from bacteria to mammals, demonstrating that unique insights into these systems can be gained by studying microbial organisms. Despite the enthusiasm generated by these findings, the key microbial model organism Saccharomyces cerevisiae (budding yeast) has been minimally exploited for studies of viral defense, primarily because it is not infected with exogenously transmitted viruses. However, most yeast strains are infected with an endogenous double stranded RNA (dsRNA) virus called L-A, and previous studies identified conserved antiviral systems that attenuate L-A replication. Although these systems do not completely eradicate L-A, we show here that they do prevent proteostatic stress and lethality caused by L-A over-proliferation. Exploiting this new finding, we demonstrate that the genetic screening methods available in yeast can be used to identify additional conserved antiviral systems. Using these approaches, we discovered antiviral functions for the yeast homologs of polyA-binding protein (PABPC1) and the La-domain containing protein Larp1, which are both involved in viral innate immunity in humans. We also identified new antiviral functions for the RNA exonucleases REX2 and MYG1 , both of which have distinct but poorly characterized human and bacterial homologs. These findings highlight the potential of yeast as a powerful model system for the discovery and characterization of conserved antiviral systems. Significance Statement The budding yeast Saccharomyces cerevisiae has been minimally exploited for investigation of host-virus interactions despite its chronic infection with a double-stranded RNA virus called L-A. Controverting its presumed harmless nature, we show here that L-A causes pathogenesis in cells lacking parallel-acting viral attenuation pathways. Taking advantage of the genetic tools available in budding yeast, we identify several highly conserved proteins to play a role in antiviral defense. Some of these have been recently identified in humans to be involved in viral innate immunity, thus highlighting the potential of budding yeast as a model organism to identify and investigate new antiviral systems.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,113
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,246
Écart entre enseignants0,227 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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