A New Family of Transcriptional Regulators Activating Biosynthetic Gene Clusters for Secondary Metabolites
Notice bibliographique
Résumé
We previously identified the aur1 biosynthetic gene cluster (BGC) in Streptomyceslavendulae subsp. lavendulae CCM 3239 (formerly Streptomycesaureofaciens CCM 3239), which is responsible for the production of the unusual angucycline-like antibiotic auricin. Auricin is produced in a narrow interval of the growth phase after entering the stationary phase, after which it is degraded due to its instability at the high pH values reached after the production phase. The complex regulation of auricin BGC is responsible for this specific production by several regulators, including the key activator Aur1P, which belongs to the family of atypical response regulators. The aur1P gene forms an operon with the downstream aur1O gene, which encodes an unknown protein without any conserved domain. Homologous aur1O genes have been found in several BGCs, which are mainly responsible for the production of angucycline antibiotics. Deletion of the aur1O gene led to a dramatic reduction in auricin production. Transcription from the previously characterized Aur1P-dependent biosynthetic aur1Ap promoter was similarly reduced in the S. lavendulaeaur1O mutant strain. The aur1O-specific coactivation of the aur1Ap promoter was demonstrated in a heterologous system using a luciferase reporter gene. In addition, the interaction between Aur1O and Aur1P has been demonstrated by a bacterial two-hybrid system. These results suggest that Aur1O is a specific coactivator of this key auricin-specific positive regulator Aur1P. Bioinformatics analysis of Aur1O and its homologues in other BGCs revealed that they represent a new family of transcriptional coactivators involved in the regulation of secondary metabolite biosynthesis. However, they are divided into two distinct sequence-specific subclasses, each of which is likely to interact with a different family of positive regulators.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».