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Enregistrement W4214573195 · doi:10.1038/s43018-022-00332-x

The Molecular Tumor Board Portal supports clinical decisions and automated reporting for precision oncology

2022· article· en· W4214573195 sur OpenAlexfundno aff
David Tamborero, Rodrigo Dienstmann, Maan Haj Rachid, Jorrit Boekel, Adrià López‐Fernández, Markus Jonsson, Ali Razzak, Irene Braña, Luigi De Petris, Jeffrey Yachnin, Richard D. Baird, Yohann Loriot, Christophe Massard, Patricia Martín-Romano, Frans L. Opdam, Richard F. Schlenk, Claudio Vernieri, Michele Masucci, Xenia Villalobos, Elena Chavarria, Shubha Anand, Danny Baars, Svetlana Bajalica‐Lagercrantz, Mariska Bierkens, Lennart Blomqvist, Costanza Bono, Gary J. Doherty, A Forest, Valentina Fornerone, Paola Gabaldi, Felix Haglund, Johan Hartman, Peter Horak, Tanja Jutzi, Mary Kasanicki, Simon Kreutzfeldt, Lucian Le Cornet, Rolf Lewensohn, Johan Lindberg, Carlos López, Andreas Lundqvist, Jose‐Ezequiel Martín, Gerrit A. Meijer, Susana Muñoz, Maud Ngo Camus, Claudio Nicotra, Paolo Nucíforo, Petra Oberrauch, Päivi Östling, Laura Pelz, Alejandro Piris‐Giménez, Elena Provenzano, Étienne Rouleau, John Rowell, Omar Saavedra, Giovanni Scoazec, Kenneth B. Seamon, Marc Tischkowitz, Lizet van der Kolk, Ruud van der Noll, María Vieito, Daniël J. Vis, Ana Vivancos, Christina von Gertten, Anders Wennborg, Lodewyk F.A. Wessels, Valtteri Wirta, Judith Balmañà, Giovanni Apolone, Carlos Caldas, Jonas Bergh, Ingemar Ernberg, Stefan Fröhling, Elena Garralda, Claes Karlsson, Josep Tabernero, Emile E. Voest, Jordi Rodón, Janne Lehtiö

Notice bibliographique

RevueNature Cancer · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer Genomics and Diagnostics
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesPrincipia BiopharmaLoxo OncologyPharmacyclicsChugai PharmaceuticalGenentechFoundation MedicineSierra OncologyMenarini GroupPharmaMarNovartis FarmacéuticaDaiichi Sankyo EuropeServierStockholms Läns LandstingKarolinska InstitutetEisaiFundación Bancaria Caixa d'Estalvis i Pensions de BarcelonaNational Institute for Health and Care ResearchEuropean Bioinformatics InstituteSeagenMacroGenicsBeiGeneMedical Research CouncilLes Laboratories Pierre FabreUniversity of CambridgeCancer Research UKSpectrum PharmaceuticalsIpsenArray BioPharmaSymphogenPfizerIncyteF. Hoffmann-La RocheEuropean CommissionScience for Life LaboratoryHalozymeExelixisSanofiGlaxoSmithKlineAmgenCelgeneAstraZenecaEli Lilly and CompanyBristol-Myers Squibb
Mots-clésPrecision oncologyMedical physicsClinical OncologyMedicineOncologyInternal medicineCancer

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

There is a growing need for systems that efficiently support the work of medical teams at the precision-oncology point of care. Here, we present the implementation of the Molecular Tumor Board Portal (MTBP), an academic clinical decision support system developed under the umbrella of Cancer Core Europe that creates a unified legal, scientific and technological platform to share and harness next-generation sequencing data. Automating the interpretation and reporting of sequencing results decrease the need for time-consuming manual procedures that are prone to errors. The adoption of an expert-agreed process to systematically link tumor molecular profiles with clinical actions promotes consistent decision-making and structured data capture across the connected centers. The use of information-rich patient reports with interactive content facilitates collaborative discussion of complex cases during virtual molecular tumor board meetings. Overall, streamlined digital systems like the MTBP are crucial to better address the challenges brought by precision oncology and accelerate the use of emerging biomarkers.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,014
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,046
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,045
Score d'incertitude au seuil0,151

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0140,046
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0040,003
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0070,007
Science ouverte0,0020,007
Intégrité de la recherche0,0020,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0450,023

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,386
Écart entre enseignants0,369 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations130
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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