Genomewide Identification and Expression Analyses of <i>PAL</i> Genes in Different Color Radish
Notice bibliographique
Résumé
Phenylalanine ammonia-lyase (PAL) is the first step key enzyme of the flavonoid biosynthesis pathway which played an essential role in plant anthocyanin accumulation. Five PAL family gene members were identified in the radish ( Raphanus sativus L.) genome name RsPAL1~5. Specific primers were designed to amplify the open reading frame in red radish ‘Hongxin No.1’ and then sequenced. Real-time PCR was used to analysis the expression pattern of 5 RsPALs in four different tissues including leaf, petiole, taproot flesh and skin form five different color type radishes, including red skin and red flesh ‘Shaguan’ and ‘Hongxin No.1’, red skin and white flesh ‘Shaguan No.1’ and ‘Mantanghong’, white skin and white flesh ‘Chunbulao’. The results showed that the length of open read frame of RsPAL1~5 were 2 160, 2 166, 2 163, 2 124 and 2 109 bp encoding for 719, 721, 720, 707 and 702 amino acid residues respectively. Sequence alignment analysis showed that MIO motif (Ala-Gly-Ser) was conserved among the five RsPALs proteins. RsPAL1~4 were clustered with Arabidopsis AtPAL1 and AtPAL2, RsPAL5 was clustered with AtPAL4 in the phylogenetic tree. Real-time PCR results suggested that RsPAL4 was expressed only in the tissue accumulate anthocyanin, and the expression of RsPAL4 was significantly correlated with anthocyanin content. These results indicating that RsPAL4 may specifically involved in anthocyanin biosynthesis in radish. However, no obvious expression pattern of other RsPALs members was found in this study, suggesting that they may participate in other secondary metabolites biosynthesis of phenylpropane metabolism pathway. This study would provide scientific basis for further study on the function of radish PAL .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».