Single cell proteogenomic sequencing identifies a relapse‐fated AML subclone carrying <i>FLT3</i>‐ITD with CN‐LOH at chr13q
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Internal tandem duplication of the Feline McDonough Sarcoma (FMS)‐like tyrosine kinase 3 (FLT3‐ITD) is one of the most clinically relevant mutations in acute myeloid leukemia (AML), with a high FLT3‐ITD allelic ratio (AR) (≥0.5) being strongly associated with poor prognosis. FLT3‐ITDs are heterogeneous, varying in size and location, with some patients having multiple FLT3‐ITDs. Bulk cell‐based approaches are limited in their ability to reveal the clonal structure in such cases. Using single‐cell proteogenomic sequencing (ScPGseq), we attempted to identify a relapse‐fated subclone in an AML case with mutations in WT1, NPM1, and FLT3 tyrosine kinase domain and two FLT3‐ITDs (21 bp and 39 bp) (low AR) at presentation, then relapsed only with WT1 and NPM1 mutations and one FLT3‐ITD (high AR). This relapse‐fated subclone at presentation (∼2.1% of sequenced cells) was characterized by the presence of a homozygous 21 bp FLT3‐ITD resulting from copy neutral loss of heterozygosity (CN‐LOH) of chr13q and an aberrant, immature myeloid cell surface signature, contrast to the cell surface phenotype at presentation. In contrast to results from multicolor flow‐cytometry, ScPGseq not only enabled the early detection of rare relapse‐fated subclone showing immature myeloid signature but also highlighted the presence of homozygous 21 bp FLT3‐ITDs in the clone at presentation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».