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Enregistrement W4220778580 · doi:10.1038/s41398-022-01902-4

DNA methylation signatures in human neonatal blood following maternal antenatal corticosteroid treatment

2022· article· en· W4220778580 sur OpenAlexafffundabout
Bona Kim, Aya Sasaki, Kellie E. Murphy, Stephen G. Matthews

Notice bibliographique

RevueTranslational Psychiatry · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEpigenetics and DNA Methylation
Établissements canadiensSinai Health SystemLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesUniversity of TorontoGovernment of CanadaCIHR Skin Research Training CentreCanadian Institutes of Health ResearchGovernment of Ontario
Mots-clésDNA methylationEpigeneticsMethylationCpG siteMedicineGeneEpigenomeBiologyBioinformaticsGeneticsGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Antenatal corticosteroids (ACS) are used to treat women at risk of preterm birth to improve neonatal survival. Though affected children may be at long-term risk of neurobehavioural disorders, the driving mechanisms remain unknown. Animal studies have shown that ACS exposure can lead to overlapping changes in DNA methylation between the blood and the brain, identifying gene pathways for neurodevelopment, which highlights the potential to examine peripheral blood as a surrogate for inaccessible human brain tissue. We hypothesized that differential methylation will be identified in blood of term-born neonates following ACS. Mother-infant dyads that received ACS were retrospectively identified through the Ontario Birth Study at Sinai Health Complex and matched to untreated controls for maternal age, BMI, parity and foetal sex (n = 14/group). Genome-wide methylation differences were examined at single-nucleotide resolution in DNA extracted from dried bloodspot cards using reduced representative bisulfite sequencing approaches. 505 differentially methylated CpG sites (DMCs) were identified, wherein 231 were hypermethylated and 274 were hypomethylated. These sites were annotated to 219 genes, of which USP48, SH3PXD2A, NTM, CAMK2N2, MAP6D1 were five of the top ten genes with known neurological function. Collectively, the set of hypermethylated genes were enriched for pathways of transcription regulation, while pathways of proteasome activity were enriched among the set of hypomethylated genes. This study is the first to identify DNA methylation changes in human neonatal blood following ACS. Understanding the epigenetic changes that occur in response to ACS will support future investigations to delineate the effects of prenatal glucocorticoid exposure on human development.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,491
Score d'incertitude au seuil0,690

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,267
Écart entre enseignants0,256 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2022
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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