In Silico Bioinformatics Followed by Molecular Validation Using Archival FFPE Tissue Biopsies Identifies a Panel of Transcripts Associated with Severe Asthma and Lung Cancer
Notice bibliographique
Résumé
Severe asthma and lung cancer are both heterogeneous pathological diseases affecting the lung tissue. Whilst there are a few studies that suggest an association between asthma and lung cancer, to the best of our knowledge, this is the first study to identify common genes involved in both severe asthma and lung cancer. Publicly available transcriptomic data for 23 epithelial brushings from severe asthmatics and 55 samples of formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) lung cancer tissue at relatively early stages were analyzed by absolute gene set enrichment analysis (GSEA) in comparison to 37 healthy bronchial tissue samples. The key pathways enriched in asthmatic patients included adhesion, extracellular matrix, and epithelial cell proliferation, which contribute to tissue remodeling. In the lung cancer dataset, the main pathways identified were receptor tyrosine kinase signaling, wound healing, and growth factor response, representing the early cancer pathways. Analysis of the enriched genes derived from the pathway analysis identified seven genes expressed in both the asthma and lung cancer sets: BCL3, POSTN, PPARD, STAT1, MYC, CD44, and FOSB. The differential expression of these genes was validated in vitro in the cell lines retrieved from different lung cancer and severe asthma patients using real-time PCR. The effect of the expression of the seven genes identified in the study on the overall survival of lung cancer patients (n = 1925) was assessed using a Kaplan–Meier plot. In vivo validation performed in the archival biopsies obtained from patients diagnosed with both the disease conditions provided interesting insights into the pathogenesis of severe asthma and lung cancer, as indicated by the differential expression pattern of the seven transcripts in the mixed group as compared to the asthmatics and lung cancer samples alone.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».