Resolution of glycogen and glycogen-degrading activities reveals correlates of <i>Lactobacillus crispatus</i> dominance in a cohort of young African women
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background A healthy vaginal microbiome is dominated by Lactobacillus species that produce lactic acid, lowering vaginal pH and limiting colonization by pathogens. Lactobacillus dominance (LD) is established during puberty, but many women, especially those of Black race, lose LD during their reproductive years. Glycogen is thought to be a key host nutrient that supports vaginal lactobacilli and their fermentative lactic acid production, but mechanisms of glycogen utilization by Lactobacillus species are incompletely understood. By partitioning glycogen and glycogen-derived maltodextrin, as well as the activity of glycogen-degrading pullulanase enzymes, this work refines understanding of vaginal glycogen catabolism and identifies correlates of LD. Results Vaginal swab samples were collected from a cohort of young women with limited sexual experience in Thika, Kenya (N=17, ages 17–20). Metagenomic profiling of the vaginal microbiome revealed that most samples exhibited LD, particularly dominant Lactobacillus crispatus . Amylopullulanase activity, cleavage of glycogen α-1,4 and α-1,6 linkages by individual/multifunctional enzymes, showed a significant positive correlation with glycogen-derived maltodextrin, but no relationship with L. crispatus dominance. Pullulanase activity, which specifically targets glycogen α-1,6 linkages, was 3-fold higher in L. crispatus- dominated samples and significantly correlated with D-lactic acid levels. Metagenomics and targeted PCR revealed that 36% of L. crispatus -dominated metagenomes from our African cohort lacked a functional L. crispatus pullulanase ( pulA ) gene, a 3-fold higher frequency of gene loss than that seen in metagenomes from European and North American women. Our findings suggest pulA gene loss or inactivation may correspond with reductions in L. crispatus abundance, pullulanase activity and lactic acid levels compared to samples dominated by pulA -competent L. crispatus . Conclusions Our results indicate that although amylase activity drives the accumulation of glycogen catabolites in vaginal fluid, pullulanase appears to specifically contribute to maximal D-lactic acid production by L. crispatus . However, this is only possible when a functional pulA gene is present, which was not the case in a substantial proportion of young African women with dominant L. crispatus . Scaling this analysis to a larger cohort will address whether genomic and enzymatic indicators of L. crispatus pullulanase activity are predictive of sustained LD and vaginal health.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».