Recalibrated estimates of non-bacteremic and bacteremic pneumococcal community acquired pneumonia in hospitalized Canadian adults from 2010 to 2017 with addition of an extended spectrum serotype-specific urine antigen detection assay
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE(S): In the context of age- and risk-based pneumococcal vaccine recommendations in Canada, this study presents updated data from active surveillance of pneumococcal community acquired pneumonia (pCAP) and invasive pneumococcal disease (IPD) in hospitalized adults from 2010 to 2017. METHODS: S. pneumoniae was detected using culture (blood and sputum), and urine antigen detection (UAD). Serotyping was performed with Quellung, PCR, or using the PCV13- and PPV23 (non-PCV13)-specific UADs. Laboratory results, demographic, and outcome data were categorized by age (16-49, 50-64, and 65 + ) and by disease [non-bacteremic pCAP, bacteremic pCAP, and IPD(non-CAP)]. RESULTS: 11,129 CAP cases and 216 cases of IPD (non-CAP) were identified. Laboratory testing for S. pneumoniae was performed in 8912 CAP cases, identifying 1264 (14.2%) as pCAP. Of pCAP cases, 811 (64.1%) were non-bacteremic and 455 (35.9%) were bacteremic. Adults 65 + years represented 54.5% of non-bacteremic pCAP, 41.4% of bacteremic pCAP, and 48.6% of IPD cases. Adults 50-64 years contributed 30.3%, 33.1%, and 29.9%, respectively. In pCAP, PCV13 serotypes declined between 2010 and 2014 due to declines in serotypes 7F and 19A, then plateaued from 2015 to 2017 with persistence of serotype 3. In later study years, non-bacteremic pCAP was predominant, and PPV23 (non-PCV13) serotypes increased from 2015 to 2017, with serotypes 22F, 11A, and 9 N being most frequently identified. Compared to non-pCAP, pCAP cases were more likely to be admitted to intensive care units and require mechanical ventilation. These outcomes and mortality were more common in bacteremic pCAP and IPD, versus non-bacteremic pCAP. CONCLUSION(S): Along with IPD, pCAP surveillance (bacteremic and non-bacteremic) is important as their trends may differ over time. With insufficient herd protection from PCV13 childhood immunization, or use of PPV23 in adults, this study supports direct adult immunization with PCV13 or higher valency conjugate vaccines to reduce the residual burden of pCAP and IPD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».