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Enregistrement W4220938751 · doi:10.1096/fj.202100901rrr

Role of cellular retinol‐binding protein, type 1 and retinoid homeostasis in the adult mouse heart: A multi‐omic approach

2022· article· en· W4220938751 sur OpenAlexaff
Stephanie Zalesak‐Kravec, Weiliang Huang, Jace W. Jones, Jianshi Yu, Jenna Alloush, Amy Defnet, Alexander R. Moise, Maureen A. Kane

Notice bibliographique

RevueThe FASEB Journal · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRetinoids in leukemia and cellular processes
Établissements canadiensNOSM University
Organismes subventionnairesEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Institute of General Medical Sciences
Mots-clésHomeostasisBiologyRetinoic acidRetinoidMetaboliteProteomeTranscriptomeMetabolomicsCell biologyInternal medicineEndocrinologyBiochemistryBioinformaticsGene expressionMedicineGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The main active metabolite of Vitamin A, all ‐ trans retinoic acid (RA), is required for proper cellular function and tissue organization. Heart development has a well‐defined requirement for RA, but there is limited research on the role of RA in the adult heart. Homeostasis of RA includes regulation of membrane receptors, chaperones, enzymes, and nuclear receptors. Cellular retinol‐binding protein, type 1 (CRBP1), encoded by retinol‐binding protein, type 1 ( Rbp1 ), regulates RA homeostasis by delivering vitamin A to enzymes for RA synthesis and protecting it from non‐specific oxidation. In this work, a multi‐omics approach was used to characterize the effect of CRBP1 loss using the Rbp1 −/− mouse. Retinoid homeostasis was disrupted in Rbp1 −/− mouse heart tissue, as seen by a 33% and 24% decrease in RA levels in the left and right ventricles, respectively, compared to wild‐type mice (WT). To further inform on the effect of disrupted RA homeostasis, we conducted high‐throughput targeted metabolomics. A total of 222 metabolite and metabolite combinations were analyzed, with 33 having differential abundance between Rbp1 −/− and WT hearts. Additionally, we performed global proteome profiling to further characterize the impact of CRBP1 loss in adult mouse hearts. More than 2606 unique proteins were identified, with 340 proteins having differential expression between Rbp1 −/− and WT hearts. Pathway analysis performed on metabolomic and proteomic data revealed pathways related to cellular metabolism and cardiac metabolism were the most disrupted in Rbp1 −/− mice. Together, these studies characterize the effect of CRBP1 loss and reduced RA in the adult heart.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,365

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,220
Écart entre enseignants0,210 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations14
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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