Development and evaluation of a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method for detection of the potato wart pathogen <i>Synchytrium endobioticum</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Potato ( Solanum tuberosum ) wart, caused by the biotrophic fungal pathogen Synchytrium endobioticum , is a serious disease of cultivated potatoes. A rapid and accurate method for wart diagnosis is needed. In this study, we described the development and evaluation of a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method for the detection of S. endobioticum . Four sets of LAMP primers were designed. Their sensitivity was tested on a gBlock and the specificity of the most sensitive primer set (LAMP1) was verified by in silico analysis and on DNA of non-target species. The LAMP1 primer set showed a detection limit at 7-8 gBlock DNA molecules per reaction. On sensitivity, the LAMP was comparable to qPCR (SYBR green- and probe-based) and about 10 times more sensitive than conventional PCR. Considering the convenience of operation, the LAMP protocol is accurate and robust and should be recommended for the routine lab testing for potato wart.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».