Diversity of blaCTX-M-1-carrying plasmids recovered from Escherichia coli isolated from Canadian domestic animals
Notice bibliographique
Résumé
Conserved IncI1 and IncHI1 plasmids carrying blaCTX-M-1 have been found circulating in chickens and horses from continental Europe, respectively. In Canada, blaCTX-M-1 is overwhelmingly the most common blaCTX-M variant found in Escherichia coli from chicken and horses and can be recovered at lower frequencies in swine, cattle, and dogs. Whole-genome sequencing has identified a large genetic diversity of isolates carrying this variant, warranting further investigations into the plasmids carrying this gene. Therefore, the objective of this study was to describe the genetic profiles of blaCTX-M-1 plasmids circulating in E. coli from Canadian domestic animals and compare them to those recovered in animals in Europe. Fifty-one blaCTX-M-1 positive E. coli isolates from chicken (n = 14), horses (racetrack horses n = 11; community horses n = 3), swine (n = 7), turkey (n = 6), dogs (n = 5), beef cattle (n = 3), and dairy cattle (n = 2) were selected for plasmid characterization. Sequences were obtained through both Illumina and Oxford Nanopore technologies. Genomes were assembled using either Unicycler hybrid assembly or Flye with polishing performed using Pilon. blaCTX-M-1 was found residing on a plasmid in 45 isolates and chromosomally located in six isolates. A conserved IncI1/ST3 plasmid was identified among chicken (n = 12), turkey (n = 4), swine (n = 6), dog (n = 2), and beef cattle (n = 2) isolates. When compared against publicly available data, these plasmids showed a high degree of similarity to those identified in isolates from poultry and swine in Europe. These results suggest that an epidemic IncI1/ST3 plasmid similar to the one found in Europe is contributing to the spread of blaCTX-M-1 in Canada. A conserved IncHI1/FIA(HI1)/ST2 plasmid was also recovered from nearly all racetrack horse isolates (n = 10). Although IncHI1/ST2 plasmids have been reported among European horse isolates, IncHI1/ST9 plasmids appear to be more widespread. Further studies are necessary to understand the factors contributing to these plasmids' success in their respective populations.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».