Altered gene expression due to aberrant DNA methylation correlates with responsiveness to anti‐EGFR antibody treatment
Notice bibliographique
Résumé
The cetuximab gene expression signature and DNA methylation status of colorectal cancer (CRC) are predictive of the therapeutic effects of anti-epidermal growth factor receptor (EGFR) antibody therapy. As DNA methylation is a means of regulating gene expression, it may play an important role in the expression of cetuximab signature genes. This study aims to determine the effects of aberrant DNA methylation on the regulation of cetuximab signature gene expression. Comprehensive DNA methylation and gene expression data were retrieved from CRC patients in three tumor tissue (TT) cohorts and three normal colorectal mucosa/tumor tissue paired (NCM-TT) cohorts. Of the 231 cetuximab signature genes, 57 exhibited an inverse correlation between the methylation of promoter CpG sites and gene expression level in multiple cohorts. About two-thirds of the promoter CpG sites associated with the 57 genes exhibited this correlation. In all 57 gene promoter regions, the methylation levels in NCMs did not differ according to comparisons based on cetuximab signature or DNA methylation status classification of matched TTs. Thus, the altered expression of 57 genes was caused by aberrant DNA methylation during carcinogenesis. Analysis of the association between cetuximab signature or DNA methylation status and progression-free survival (PFS) of anti-EGFR antibody agents in the same cohort showed that DNA methylation status was most associated with PFS. In conclusion, we found that aberrant DNA methylation regulates specific gene expression in cetuximab signature during carcinogenesis, suggesting that it is one of the important determinants of sensitivity to anti-EGFR antibody agents.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».