Origin and early evolution of the plant terpene synthase family
Notice bibliographique
Résumé
As a midsized gene family conserved more by lineage than function, the typical plant terpene synthases (TPSs) could be a valuable tool to examine plant evolution. TPSs are pivotal in biosynthesis of gibberellins and related phytohormones as well as in formation of the extensive arsenal of specialized plant metabolites mediating ecological interactions whose production is often lineage specific. Yet the origin and early evolution of the TPS family is not well understood. Systematic analysis of an array of transcriptomes and sequenced genomes indicated that the TPS family originated after the divergence of land plants from charophytic algae. Phylogenetic and biochemical analyses support the hypothesis that the ancestral TPS gene encoded a bifunctional class I and II diterpene synthase producing the ent-kaurene required for phytohormone production in all extant lineages of land plants. Moreover, the ancestral TPS gene likely underwent duplication at least twice early in land plant evolution. Together these two gave rise to three TPS lineages leading to the extant TPS-c, TPS-e/f, and the remaining TPS (h/d/a/b/g) subfamilies, with the latter dedicated to secondary rather than primary metabolism while the former two contain those genes involved in ent-kaurene production. Nevertheless, parallel evolution from the ent-kaurene–producing class I and class II diterpene synthases has led to roles for TPS-e/f and -c subfamily members in secondary metabolism as well. These results clarify TPS evolutionary history and provide context for the role of these genes in producing the vast diversity of terpenoid natural products observed today in various land plant lineages.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».