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Enregistrement W4223607581 · doi:10.21203/rs.3.rs-1525565/v1

Novel Class of Antibiotics Disassembles the Lipopolysaccharide Transport Bridge

2022· preprint· en· W4223607581 sur OpenAlexaff
Oliver Zerbe, Matthias Schuster, Emile Brabet, Kathryn K. Oi, Nicolas Desjonquères, Kerstin Moehle, Karen Le Poupon, Sopie Hell, Stéphane Gable, Virginie Rithié, Séverine Dillinger, Peter Zbinden, Anatol Luther, Claudia Li, Sarah Stiegeler, Carolin D’Arco, Hans H. Locher, Tobias Remus, Selena DiMaio, Paola Motta, Achim Wach, Françoise Jung, Grégory Upert, Daniel Obrecht, Mohammed Benghezal

Notice bibliographique

RevueResearch Square · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAntibiotic Resistance in Bacteria
Établissements canadiensTrinity College
Organismes subventionnairesFunctional Genomics Center ZurichBundesministerium für Bildung und ForschungBiomedical Advanced Research and Development AuthorityNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesInnosuisse - Schweizerische Agentur für InnovationsförderungCombating Antibiotic-Resistant Bacteria Biopharmaceutical AcceleratorWellcome Trust
Mots-clésLipopolysaccharideAntibioticsBridge (graph theory)Class (philosophy)MicrobiologyChemistryBiologyComputer scienceImmunologyArtificial intelligenceAnatomy

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The rapid rise of multi-resistant bacteria poses a significant threat to our health system. The development of drugs against novel targets is urgently needed to replenish the clinical arsenal with effective antibiotics. The naturally occurring peptide thanatin kills Gram-negative bacteria by targeting the periplasmic protein bridge, in particular the lipopolysaccharide transport protein A (LptA). Using the thanatin scaffold together with phenotypic medicinal chemistry and a target-focused approach, we developed potent antimicrobial macrocyclic peptides with drug-like properties that exhibited low frequencies for development of resistance both in vitro and in vivo. Binding affinities to Escherichia coli LptA of the thanatin analogs correlated well with minimal inhibitory concentrations for both parent and thanatin-resistant E. coli strains. Mode of action studies revealed that the antimicrobial activity of the antibiotics involves the specific disruption of the periplasmic Lpt protein bridge. Our studies validate the Lpt protein bridge as a novel target for macrocyclic peptide antibiotics that can avoid current mechanisms of drug resistance. The peptides warrant further preclinical and clinical studies addressing WHO priority 1 carbapenem-resistant Enterobacteriaceae, in particular for Klebsiella pneumoniae lung infections.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,057
Tête enseignante GPT0,373
Écart entre enseignants0,316 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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