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Enregistrement W4224861930 · doi:10.3389/fcell.2022.909619

Editorial: Dictyostelium: A Tractable Cell and Developmental Model in Biomedical Research

2022· editorial· en· W4224861930 sur OpenAlexaff
Robert J. Huber, Robin S. B. Williams, Annette Müller‐Taubenberger

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Cell and Developmental Biology · 2022
Typeeditorial
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCellular Mechanics and Interactions
Établissements canadiensTrent University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésDictyosteliumBiologyCell biologyNeuroscienceComputational biologyCognitive sciencePsychologyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Dictyostelium: A Tractable Cell and Developmental Model in Biomedical ResearchFor almost a century, the social amoeba Dictyostelium discoideum has been used as an inexpensive and high-throughput model system for studying a variety of fundamental cellular and developmental processes including cell movement, chemotaxis, differentiation, and autophagy (Müller-Taubenberger et al., 2013;Mathavarajah et al., 2017).The life cycle of Dictyostelium is comprised of a unicellular growth phase and a 24-h multicellular developmental phase with distinct stages (Figure 1A).Dictyostelium development shares many common features with metazoan development but occurs in a much shorter time frame, which allows for the rapid detection of developmental phenotypes.The fully sequenced, low redundancy genome of Dictyostelium provides a less complex system to work with, whilst still maintaining many genes and related signalling pathways found in more complex eukaryotes (Eichinger et al., 2005).The Dictyostelium genome is haploid, which allows researchers to introduce one or multiple gene disruptions with relative ease, and gene function can be studied in a true multicellular organism with measurable phenotypic outcomes (Kuspa, 2006;Faix et al., 2013;Friedrich et al., 2015;Sekine et al., 2018).In addition, insertional mutant libraries facilitate pharmacogenetics screens that have enhanced our understanding of the function of bioactive compounds at a cellular level (Damstra Oddy et al., 2021;Warren et al., 2020).Finally, a variety of expression constructs are available that enable studies on protein localization and function in Dictyostelium (Levi et al., 2000;Veltman et al., 2009;Müller-Taubenberger and Ishikawa-Ankerhold, 2013).More recently, Dictyostelium has emerged as a valuable biomedical model system for studying several human diseases.The genome encodes orthologs of genes associated with human disease and the signalling pathways that regulate the behaviour of Dictyostelium cells are remarkably similar to those observed in mammalian cells, which has allowed findings from Dictyostelium to be successfully translated to mammalian systems (Alexander and Alexander, 2011;Chang et al., 2012).As a result, Dictyostelium has, and will continue to offer, excellent opportunities to advance biomedical research.This Research Topic contains 23 articles that showcase the use of Dictyostelium as a tractable cell, molecular, and developmental model system in biomedical research, and includes two methods articles that enhance the biomedical applications of this valuable model organism (Figure 1B).Yamashita et al. describe the application of CRISPR-based gene disruption in Dictyostelium, while Williams et al. report the development of a new positive selection high throughput genetic screen.The use of Dictyostelium as a model system for studying fundamental cellular and developmental processes is well established and this Research Topic contains several articles describing new findings on conserved processes in Dictyostelium with biomedical relevance (Figure 1B).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,006
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,015
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Éditorial · Signal consensuel: Éditorial
Score de désaccord entre enseignants0,014
Score d'incertitude au seuil0,047

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0060,015
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0030,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,002
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0020,003
Communication savante0,0050,005
Science ouverte0,0030,002
Intégrité de la recherche0,0120,019
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0140,013

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,271
Écart entre enseignants0,259 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreÉditorial

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations16
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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