A Large-Scale Genome-Wide Gene-Gene Interaction Study of Lung Cancer Susceptibility in Europeans With a Trans-Ethnic Validation in Asians
Notice bibliographique
Résumé
Introduction Although genome-wide association studies have been conducted to investigate genetic variation of lung tumorigenesis, little is known about gene-gene (G × G) interactions that may influence the risk of non-small cell lung cancer (NSCLC). Methods Leveraging a total of 445,221 European-descent participants from the International Lung Cancer Consortium OncoArray project, Transdisciplinary Research in Cancer of the Lung and UK Biobank, we performed a large-scale genome-wide G × G interaction study on European NSCLC risk by a series of analyses. First, we used BiForce to evaluate and rank more than 58 billion G × G interactions from 340,958 single-nucleotide polymorphisms (SNPs). Then, the top interactions were further tested by demographically adjusted logistic regression models. Finally, we used the selected interactions to build lung cancer screening models of NSCLC, separately, for never and ever smokers. Results With the Bonferroni correction, we identified eight statistically significant pairs of SNPs, which predominantly appeared in the 6p21.32 and 5p15.33 regions (e.g., rs521828 C6orf10 and rs204999 PRRT1 , OR interaction = 1.17, p = 6.57 × 10 −13 ; rs3135369 BTNL2 and rs2858859 HLA-DQA1 , OR interaction = 1.17, p = 2.43 × 10 −13 ; rs2858859 HLA-DQA1 and rs9275572 HLA-DQA2 , OR interaction = 1.15, p = 2.84 × 10 −13 ; rs2853668 TERT and rs62329694 CLPTM1L , OR interaction = 0.73, p = 2.70 × 10 −13 ). Notably, even with much genetic heterogeneity across ethnicities, three pairs of SNPs in the 6p21.32 region identified from the European-ancestry population remained significant among an Asian population from the Nanjing Medical University Global Screening Array project (rs521828 C6orf10 and rs204999 PRRT1 , OR interaction = 1.13, p = 0.008; rs3135369 BTNL2 and rs2858859 HLA-DQA1 , OR interaction = 1.11, p = 5.23 × 10 −4 ; rs3135369 BTNL2 and rs9271300 HLA-DQA1 , OR interaction = 0.89, p = 0.006). The interaction-empowered polygenetic risk score that integrated classical polygenetic risk score and G × G information score was remarkable in lung cancer risk stratification. Conclusions Important G × G interactions were identified and enriched in the 5p15.33 and 6p21.32 regions, which may enhance lung cancer screening models.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».