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Enregistrement W4225141725 · doi:10.1371/journal.pbio.3001627

Population heterogeneity in clinical cohorts affects the predictive accuracy of brain imaging

2022· article· en· W4225141725 sur OpenAlexafffund
Oualid Benkarim, Casey Paquola, Bo‐yong Park, Valeria Kebets, Seok‐Jun Hong, Reinder Vos de Wael, Shaoshi Zhang, B.T. Thomas Yeo, Michael Eickenberg, Tian Ge, Jean‐Baptiste Poline, Boris C. Bernhardt, Danilo Bzdok

Notice bibliographique

RevuePLoS Biology · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueFunctional Brain Connectivity Studies
Établissements canadiensMila - Quebec Artificial Intelligence InstituteMcGill UniversityMontreal Neurological Institute and Hospital
Organismes subventionnairesNational Institute on AgingMedical Research CouncilNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanada Research ChairsCanada First Research Excellence FundNational Institutes of HealthCentre Azrieli de recherche sur l'autisme, Institut et Hôpital Neurologiques de MontréalHospital for Sick ChildrenGoogleCanadian Institutes of Health ResearchCanadian Institute for Advanced ResearchCanadian Network for Research and Innovation in Machining Technology, Natural Sciences and Engineering Research Council of CanadaNational Research Foundation SingaporeNational Medical Research CouncilNational Research Foundation
Mots-clésBiologyDiversity (politics)PopulationNeuroimagingDemographyNeuroscience

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Brain imaging research enjoys increasing adoption of supervised machine learning for single-participant disease classification. Yet, the success of these algorithms likely depends on population diversity, including demographic differences and other factors that may be outside of primary scientific interest. Here, we capitalize on propensity scores as a composite confound index to quantify diversity due to major sources of population variation. We delineate the impact of population heterogeneity on the predictive accuracy and pattern stability in 2 separate clinical cohorts: the Autism Brain Imaging Data Exchange (ABIDE, n = 297) and the Healthy Brain Network (HBN, n = 551). Across various analysis scenarios, our results uncover the extent to which cross-validated prediction performances are interlocked with diversity. The instability of extracted brain patterns attributable to diversity is located preferentially in regions part of the default mode network. Collectively, our findings highlight the limitations of prevailing deconfounding practices in mitigating the full consequences of population diversity.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,024
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,029
Score d'incertitude au seuil0,984

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,024
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,064
Tête enseignante GPT0,348
Écart entre enseignants0,284 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations59
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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