Methylation risk scores for childhood aeroallergen sensitization: Results from the LISA birth cohort
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Epigenomic (e.g., DNA methylation [DNAm]) changes have been hypothesized as intermediate step linking environmental exposures with allergic disease. Associations between individual DNAm at CpGs and allergic diseases have been reported, but their joint predictive capability is unknown. METHODS: Data were obtained from 240 children of the German LISA cohort. DNAm was measured in blood clots at 6 (N = 234) and 10 years (N = 227) using the Illumina EPIC chip. Presence of aeroallergen sensitization was measured in blood at 6, 10, and 15 years. We calculated six methylation risk scores (MRS) for allergy-related phenotypes, like total and specific IgE, asthma, or any allergies, based on available publications and assessed their performances both cross-sectionally (biomarker) and prospectively (predictor of the disease). Dose-response associations between aeroallergen sensitization and MRS were evaluated. RESULTS: All six allergy-related MRS were highly correlated (r > .86), and seven CpGs were included in more than one MRS. Cross-sectionally, we observed an 81% increased risk for aeroallergen sensitization at 6 years with an increased MRS by one standard deviation (best-performing MRS, 95% confidence interval = [43%; 227%]). Significant associations were also seen cross-sectionally at 10 years and prospectively, though the effect of the latter was attenuated when restricted to participants not sensitized at baseline. A clear dose-response relationship with levels of aeroallergen sensitization could be established cross-sectionally, but not prospectively. CONCLUSION: We found good classification and prediction capabilities of calculated allergy-related MRS cross-sectionally, underlining the relevance of altered gene-regulation in allergic diseases and providing insights into potential DNAm biomarkers of aeroallergen sensitization.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».