Variation and Functional Markers of Xa23 Promoter of Rice Bacterial Blight Resistance Gene
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
Xa23 is a dominant gene with broad spectrum and strong resistance to bacterial blight of rice. The functional difference between Xa23 and the allele susceptible gene xa23 lies in the 28 bp core sequence on the promoter that is recognized and activated by the avirulent effector avrXa23 of Xanthomonas oryzae pv. Oryzae (EBEavrXa23) and development of Xa23 functional markers can speed up the process of rice breeding. In this study, the Xa23 promoters of 43 wild rice and 7 representative conventional rice were tested, and the 200 bp sequence upstream of the promoter was analyzed using Vector NTI . The results showed that only 9 common wild rice and 2 conventional rice could amplify about 200 bp sequence upstream of promoter, and the detection rate was only 22.0%, indicating that Xa23 was not widespread in rice. Further sequence analysis showed that there were abundant variations in the sequence of EBE avrXa23 , with at least seven haplotypes in its allele sequence, but EBE avrXa23 only exists in rice CBB23. Finally, the Xa23 dominant functional marker was developed based on the sequence of EBE avrXa23 . It was verified that the marker could clearly distinguish whether there was Xa23 gene in rice. This study will be helpful to further study the evolution mechanism of Xa23 and molecular mark assisted breeding.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle