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Enregistrement W4226145696 · doi:10.1038/s41525-022-00299-9

Genetic evidence supports the development of SLC26A9 targeting therapies for the treatment of lung disease

2022· article· en· W4226145696 sur OpenAlexafffundabout
Jiafen Gong, Gengming He, Cheng Wang, Claire Bartlett, Naim Panjwani, Scott Mastromatteo, Lin Fan, Katherine Keenan, Julie Avolio, Anat Halevy, Michelle Shaw, Mohsen Esmaeili, Guillaume Côté-Maurais, Damien Adam, Stéphanie Bégin, Candice Bjornson, Mark Chilvers, Joe Reisman, April Price, Michael D. Parkins, Richard van Wylick, Yves Berthiaume, Lara Bilodeau, Dimas Mateos‐Corral, Daniel Hughes, Mary Jane Smith, Nancy Morrison, Janna Brusky, Elizabeth Tullis, Anne L. Stephenson, Bradley S. Quon, Pearce Wilcox, Winnie M. Leung, Melinda Solomon, Lei Sun, Emmanuelle Brochiero, Theo J. Moraes, Tanja Gonska, Félix Ratjen, Johanna M. Rommens, Lisa J. Strug

Notice bibliographique

Revuenpj Genomic Medicine · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCystic Fibrosis Research Advances
Établissements canadiensUniversity of Alberta HospitalAlberta Hospital EdmontonSt. Michael's HospitalInstitut universitaire de cardiologie et de pneumologie de QuébecMemorial University of NewfoundlandFoothills Medical CentreLondon Health Sciences CentreSt. Paul's HospitalIzaak Walton Killam Health CentreAlberta Children's HospitalUniversity of SaskatchewanHospital for Sick ChildrenUniversité de MontréalQueen Elizabeth II Health Sciences CentreChildren's Hospital of Eastern OntarioUniversité LavalBC Children's HospitalCentre Hospitalier de l’Université de MontréalKingston Health Sciences CentrePublic Health OntarioUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesHospital for Sick ChildrenNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCystic Fibrosis CanadaGovernment of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchGenome CanadaGovernment of OntarioMedical Research CouncilCystic Fibrosis Foundation TherapeuticsCystic Fibrosis Foundation
Mots-clésMedicineCystic fibrosis transmembrane conductance regulatorCystic fibrosisCOPDPopulationSpirometryInternal medicineBiobankLungPharmacologyBioinformaticsOncologyBiologyEnvironmental health

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Over 400 variants in the cystic fibrosis (CF) transmembrane conductance regulator ( CFTR ) are CF-causing. CFTR modulators target variants to improve lung function, but marked variability in response exists and current therapies do not address all CF-causing variants highlighting unmet needs. Alternative epithelial ion channel/transporters such as SLC26A9 could compensate for CFTR dysfunction, providing therapeutic targets that may benefit all individuals with CF. We investigate the relationship between rs7512462, a marker of SLC26A9 activity, and lung function pre- and post-treatment with CFTR modulators in Canadian and US CF cohorts, in the general population, and in those with chronic obstructive pulmonary disease (COPD). Rs7512462 CC genotype is associated with greater lung function in CF individuals with minimal function variants (for which there are currently no approved therapies; p = 0.008); and for gating ( p = 0.033) and p.Phe508del/ p.Phe508del ( p = 0.006) genotypes upon treatment with CFTR modulators. In parallel, human nasal epithelia with CC and p.Phe508del/p.Phe508del after Ussing chamber analysis of a combination of approved and experimental modulator treatments show greater CFTR function ( p = 0.0022). Beyond CF, rs7512462 is associated with peak expiratory flow in a meta-analysis of the UK Biobank and Spirometa Consortium ( p = 2.74 × 10 −44 ) and provides p = 0.0891 in an analysis of COPD case-control status in the UK Biobank defined by spirometry. These findings support SLC26A9 as a therapeutic target to improve lung function for all people with CF and in individuals with other obstructive lung diseases.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,007
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,017
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,014
Score d'incertitude au seuil0,047

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0070,017
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,004
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0140,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,042
Tête enseignante GPT0,345
Écart entre enseignants0,303 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations17
Publié2022
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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