A putatively new family of alphaproteobacterial chloromethane degraders from a deciduous forest soil revealed by stable isotope probing and metagenomics
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Chloromethane (CH 3 Cl) is the most abundant halogenated organic compound in the atmosphere and substantially responsible for the destruction of the stratospheric ozone layer. Since anthropogenic CH 3 Cl sources have become negligible with the application of the Montreal Protocol (1987), natural sources, such as vegetation and soils, have increased proportionally in the global budget. CH 3 Cl-degrading methylotrophs occurring in soils might be an important and overlooked sink. Results and conclusions The objective of our study was to link the biotic CH 3 Cl sink with the identity of active microorganisms and their biochemical pathways for CH 3 Cl degradation in a deciduous forest soil. When tested in laboratory microcosms, biological CH 3 Cl consumption occurred in leaf litter, senescent leaves, and organic and mineral soil horizons. Highest consumption rates, around 2 mmol CH 3 Cl g −1 dry weight h −1 , were measured in organic soil and senescent leaves, suggesting that top soil layers are active (micro-)biological CH 3 Cl degradation compartments of forest ecosystems. The DNA of these [ 13 C]-CH 3 Cl-degrading microbial communities was labelled using stable isotope probing (SIP), and the corresponding taxa and their metabolic pathways studied using high-throughput metagenomics sequencing analysis. [ 13 C]-labelled Metagenome-Assembled Genome closely related to the family Beijerinckiaceae may represent a new methylotroph family of Alphaproteobacteria , which is found in metagenome databases of forest soils samples worldwide. Gene markers of the only known pathway for aerobic CH 3 Cl degradation, via the methyltransferase system encoded by the CH 3 Cl utilisation genes ( cmu ), were undetected in the DNA-SIP metagenome data, suggesting that biological CH 3 Cl sink in this deciduous forest soil operates by a cmu -independent metabolism.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,009 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle