A putatively new family of alphaproteobacterial chloromethane degraders from a deciduous forest soil revealed by stable isotope probing and metagenomics
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Chloromethane (CH3Cl) is the most abundant halogenated organic compound in the atmosphere and substantially responsible for the destruction of the stratospheric ozone layer. Since anthropogenic CH3Cl sources have become negligible with the application of the Montreal Protocol (1987), natural sources, such as vegetation and soils, have increased proportionally in the global budget. CH3Cl-degrading methylotrophs occurring in soils might be an important and overlooked sink. Results and conclusions The objective of our study was to link the biotic CH3Cl sink with the identity of active microorganisms and their biochemical pathways for CH3Cl degradation in a deciduous forest soil. When tested in laboratory microcosms, biological CH3Cl consumption occurred in leaf litter, senescent leaves, and organic and mineral soil horizons. Highest consumption rates, around 2 mmol CH3Cl g−1 dry weight h−1, were measured in organic soil and senescent leaves, suggesting that top soil layers are active (micro-)biological CH3Cl degradation compartments of forest ecosystems. The DNA of these [13C]-CH3Cl-degrading microbial communities was labelled using stable isotope probing (SIP), and the corresponding taxa and their metabolic pathways studied using high-throughput metagenomics sequencing analysis. [13C]-labelled Metagenome-Assembled Genome closely related to the family Beijerinckiaceae may represent a new methylotroph family of Alphaproteobacteria, which is found in metagenome databases of forest soils samples worldwide. Gene markers of the only known pathway for aerobic CH3Cl degradation, via the methyltransferase system encoded by the CH3Cl utilisation genes (cmu), were undetected in the DNA-SIP metagenome data, suggesting that biological CH3Cl sink in this deciduous forest soil operates by a cmu-independent metabolism.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».