Association analysis and in-vitro anti-fungal assay reveal a role for the Pinus monticola PR10 gene (PmPR10-3.1) in quantitative resistance to white pine blister rust
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Pathogenesis-related (PR) proteins play important roles in plant defense response. However, functional investigation of PR10 genes is still limited and their physiological roles have not been conclusively characterized in biological processes of forest conifer trees. Results To elucidate the biological roles of PR proteins of class 10 (PR10) in tree resistance to pathogens, in the present study we identified multiple novel members in the complex PmPR10 family of western white pine (Pinus monticola Douglas ex D. Don). Phylogenetic analysis revealed that PmPR10 genes were grouped into clusters and sub-clusters, showing a relatively high synteny between the same cluster/sub-cluster across different species of five-needle pines. RNA-seq-based global gene expression study demonstrated the PmPR10 genes were differentially expressed in response to infection by Cronartium ribicola, an exotic fungus causing white pine blister rust (WPBR) across North America. Among all family members, PmPR10-3.1 transcripts were significantly up-regulate at both early and late stages post rust infection. This gene was further revealed to have significant contribution to host quantitative resistance to WPBR by an association study. Moreover, PmPR10-3.1 recombinant protein exhibited inhibitory effects on spore hyphal growth of fungal pathogens C. ribicola, Phoma exigua and P. argillacea by in-vitro antifungal analysis. Conclusion Our results suggest that PmPR10-3.1 may function as an important component in conifer basal immunity for non-specific resistance to a wide spectrum of pathogens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».