Proline content and varying barometric pressure: an analysis of six genes, across three marine a<i>ltererythrobacter s</i>trains
Notice bibliographique
Résumé
Environmental stresses select for suitably adapted genes. These stresses will promote the propagation of certain mutations, and the loss of others, throughout the evolution of a species. For organisms living two thousand meters below the ocean’s surface, one of these stresses is certainly high barometric pressure. Due to the imino ring structure of proline it was hypothesized that bacteria sampled from greater depths would show a larger proportion of content in their proteins. This hypothesis was examined by analyzing the proline content of 6 proteins common to 3 species from the altereythrobacter speciesl All the selected strains are Gram negative, moderately halophilic marine bacteria with optimum temperatures around 30⁰C. A. marensis strain KCTC22370 (taxonomy ID: 543877) was sampled, and genomically annotated, by Soo and Lee from the surface of the sea near Jeju island in the Republic of North Korea (2010). A. epoxidivorans strain JCS350 (taxonomy ID: 361183) was sampled from cold-seep sediment in the Kagoshima Bay, off the coast of Japan, at an approximate depth of 120m. The strain was isolated and genomically annotated by Kwon et.al. (2007). A. atlanticus strain 26DY36 (taxonomy ID: 1267766) was sampled from a North Atlantic mid ocean range at a depth of 2577m. The strain was isolated and annotated by Wu et. al. (2015). The data showed no significant differences in the proline content of the 3 species examined, however a more expansive study would be required to fully reject the hypothesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».