Structural Dynamics and Catalytic Properties of a Multimodular Xanthanase
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The precise catalytic strategies used for the breakdown of the complex bacterial polysaccharide xanthan, an increasingly frequent component of processed human foodstuffs, have remained a mystery. Here, we present characterization of an endo-xanthanase from Paenibacillus nanensis. We show that it is a CAZy family 9 glycoside hydrolase (GH9) responsible for the hydrolysis of the xanthan backbone capable of generating tetrameric xanthan oligosaccharides from polysaccharide lyase family 8 (PL8) xanthan lyase-treated xanthan. Three-dimensional structure determination reveals a complex multimodular enzyme in which a catalytic (α/α)6 barrel is flanked by an N-terminal “immunoglobulin-like” (Ig-like) domain (frequently found in GH9 enzymes) and by four additional C-terminal all β-sheet domains that have very few homologues in sequence databases and at least one of which functions as a new xanthan-binding domain, now termed CBM84. The solution-phase conformation and dynamics of the enzyme in the native calcium-bound state and in the absence of calcium were probed experimentally by hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry. Measured conformational dynamics were used to guide the protein engineering of enzyme variants with increased stability in the absence of calcium; a property of interest for the potential use of the enzyme in cleaning detergents. The ability of hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry to pinpoint dynamic regions of a protein under stress (e.g., removal of calcium ions) makes this technology a strong tool for improving protein catalyst properties by informed engineering.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle